以腹腔镜确诊、手术加上药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。治疗时需要去正规大医院。
巧克力囊肿的治疗原则是：对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。不过，经保守性手术后仍有可能复发。病人应坚持随访并争取尽早怀孕，对40岁以上，年龄较大且无生育要求的妇女，可以切除全子宫以及一侧或双侧卵巢和输卵管。
巧克力囊肿可以采用药物治疗和手术治疗两种方式治疗，治疗时一般要根据年龄、对生育的要求、囊肿的大小、病情的轻重来决定是采用药物治疗还是手术治疗，保守性的治疗主要是保留卵巢功能的治疗。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的其中一种，要高度重视积极正确治疗。西医手术以及激素治疗复发几率高，可考虑中医保守治疗。卵巢巧克力囊肿目前认为以腹腔镜确诊、手术加上药物为内异症治疗的金标准。
通常情况下，卵巢巧克力囊肿的治疗方法有保守治疗、手术治疗等。具体情况分析如下：
保守治疗：卵巢巧克力囊肿是一种由于子宫内膜异位引起的疾病，如果症状比较轻，可以通过高效孕激素周期治疗、假孕疗法、假绝经疗法等保守方法进行治疗。
手术治疗：如果症状比较严重，保守治疗无效，可以通过手术尽量切除病灶；如果没有生育要求，可以直接切除子宫。
主要是具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢上，并且随着卵巢周期性的变化而发生变化，比如在周期性的子宫内膜脱落出血形成临床月经的时候，种植在卵巢上的子宫内膜也会出现周期性的出血现象。