可以手术治疗，包括保留生育功能得手术即切净或破坏所有可见病灶、分离粘连、回恢复正常的解剖结构；保留卵巢功能手术：切除盆腔内病灶及子宫，保留至少一侧或部分卵巢；最后一个手术治疗方式是即将子宫双侧附件及盆腔内所有异位内膜病灶予以切除和清除。
子宫内膜异位食疗在日常生活种可以多吃含n-3脂肪酸的鱼类，而且有些深海鱼含有11-3脂肪酸，也可以多吃雪菜，这些食物的物质能够有效的抑制前列腺素的产生，是一种天然的抗前列腺素的食物，吃起来更有益。
观察治疗：如果较年轻，有生育要求，怀疑子宫内膜异位症，但囊肿非常小，可以先试着怀孕，怀孕本身就是对子宫内膜异位症的治疗，联合治疗：即手术加药物治疗。手术治疗是通过腹腔镜或开腹手术的方式，评估盆腔的状况后，将囊肿或病灶切除，后续需要应用药物治疗，以充分抑制病灶，减少复发。
通常情况下，子宫内膜异位症是由经血逆流、淋巴扩散等造成的，可以通过药物治疗、手术治疗等来治疗。具体分析如下：
子宫异位症是由于多种因素造成的，首先经血逆流导致子宫的上皮细胞进入到输卵管或者卵巢附近持续生长，就会产生子宫内膜异位。此外和淋巴的扩散以及静脉的扩散有很大的关系，子宫上皮细胞随着淋巴和静脉转移到身体的其他部位就会出现子宫的异位。此外还有一些医源性的种植，例如在剖宫产手术以后也会出现卵巢和输卵管的子宫异位。患者可以口服炔诺孕酮片治疗，也可以选择一些中药来进行调理，例如桂枝茯苓丸、血府逐瘀胶囊等等。如果症状持续加重，需要考虑进行手术治疗。
子宫内膜异位症是指子宫内膜生长在子宫以外的其他位置，西药治疗通常包括促性腺激素释放激素激动剂，可令异位子宫内膜组织萎缩，从而达到治疗目的。手术治疗切除内膜异位病灶，有的甚至切除子宫、卵巢；适用于药物无效的重症生病的人。
子宫内膜异位症这种疾病对于女性身体危害是比较严重的，这种疾病发生的原因是由于子宫内膜细胞生长在子宫腔之外。治疗的方法主要是采用药物，手术等方法进行治疗，去除病灶，缓解疼痛，改善患者的生育，避免复发。