巧克力囊肿的早期症状是痛经，且呈进行性加重，有的也可没有症状，是由于不孕症，去医院检查时才发现的。巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血。
巧克力囊肿是卵巢子宫内膜异位症造成的，有活性的子宫内膜种植在卵巢上，随着月经周期的变化而变化，但是增殖脱落的子宫内膜和血排不出来，久而久之就形成脓肿。会出现不孕，痛经为主要症状。
生理原因：由于内膜在女性卵巢生长，在生理期时内膜并不随着离开，而是在卵巢位置淤积，使卵巢位置出现囊肿。分娩、多次流产等：巧克力囊肿是由于月经期子宫内膜碎片引流不畅导致的，影响月经血从阴道流出，包括多次人工流产后子宫颈口粘连、月经期性交等，都会促发巧克力囊肿。
巧克力囊肿一般是由子宫内膜异位引起，导致月经逆流到盆腔，形成陈旧的淤血肿块。一般伴有月经不调，淋漓不尽，痛经，性交痛以及不孕等。临床上针对比较小的囊肿可采取药物保守治疗，中西医结合比较好。针对比较大的囊肿要采取手术切除。
发生巧克力囊肿主要的病因是内分泌的因素，其次，分娩多次流产可引起输卵管堵塞，也是巧克力囊肿的病因之一，性生活过于频繁，也是导致巧克力囊肿的重要原因。也可能和压力过大等因素有关。
巧克力囊肿是由内分泌因素引起，这是常见的病因。卵巢虽小，却是产生卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要，囊肿多发生于内分泌旺盛的生育年龄，所以认为与内分泌失调有关。也可能因长期久坐造成，由于长期久坐或姿势不佳，月经前及月经期常有剧烈疼痛，导致经血逆流入输卵管、卵巢，引起下腹痛、腰痛，尤其有厉害的经痛，此即所谓巧克力囊肿。