对于密集的较小的纳氏囊肿或比较大的囊肿，可考虑光疗、激光、微波、自凝刀等物理治疗。对于较大的突出于宫颈表面的，可考虑电刀切除治疗。对于散在的比较小的宫颈腺囊肿不需治疗，只要每年检查即可。
宫颈囊肿可通过以下方法治疗：
宫颈囊肿是慢性宫颈炎的一种表现，患者多表现为在宫颈表面突出多个大小不一的青白色囊泡，内含黏液。根据囊肿严重程度的不同，选择的治疗方式也会有所不同，比如患者是轻度的囊肿，并且没有任何临床症状，这种情况一般是不需要进行特殊治疗的。但如果患者的囊肿较为严重，则需要考虑进行手术切除的方式来治疗。
行TCT检查，若只是提示轻度炎症，则无须治疗，平时注意个人卫生和性生活卫生，每年复查一次TCT就可以了。若是严重了，就可以行手术治疗，可以先将其刺破，之后再用激光，冷冻等方法将其烧掉。
宫颈囊肿一般需要2-3个月左右才能治疗好。宫颈囊肿是宫颈腺体内的分泌物被新生鳞状上皮过度增生阻塞宫颈腺管形成囊性肿物。由于患者的体质及病情都不同，恢复情况也存在差距，恢复时间因人而异。
宫颈囊肿做利普刀微创手术治疗，二级甲等医院费用需要2500到3000元左右。这种手术较好时间是在月经干净一周左右去医院做。术后宫颈创面逐渐修复和脱痂，阴道可能会有少量出血，属于正常现象，持续2周左右。同时宫颈分泌物也比较多，持续3到4周左右。期间要注意外阴清洁和卫生，45天以内尽量不要同房。