部分闭经者去除病因后可恢复月经。如神经、精神应激起因的患者，应进行有效的心理疏导；低体质量或因过度节食、消瘦所致闭经者应调整饮食、加强营养；运动性闭经者应适当减少运动量及训练强度。
一是手术，二是加强营养、增强体质促进卵巢发育。如果是先天性畸形或卵巢、垂体及其他部位的肿瘤所以发的话，应立即进行手术治疗。如果是停用口服避孕药引起的闭经大多在半年内恢复不需治疗。
对引起闭经的器质性病变进行治疗对宫腔粘连者可扩张宫腔，分离粘连，放置宫内节育器以防重新粘连，并使用雌、孕激素以促进子宫内膜增生和剥落。对卵巢或垂体肿瘤，在诊断后可进行手术治疗。对生殖道结核，给予抗痨治疗。
重度抑郁会出现闭经。
如果女性患有重度抑郁，可能导致女性长时间的情绪低落，容易影响体内的内分泌变化，影响体内激素的代谢，也会造成女性经常食欲不振，甚至几天不吃东西，最终导致营养不良，就会导致出现内分泌紊乱，影响女性的正常月经情况，引起闭。女性需要遵医嘱进行系统的抗抑郁治疗，以改善情绪为主，间接改善睡眠、饮食，从而缓解症状。
病因治疗，找到引起闭经的器质性疾病给以恰当治疗。例如结核性子宫内膜炎即给抗痨治疗。性激素替代疗法，对先天性卵巢发育不良，或卵巢功能受损或破坏以致早衰者可用激素替代疗法。