引起巧克力囊肿的原因主要有忽略经期卫生，妇科手术操作，经血逆流，内膜种植，浆膜上皮，化生内膜，血液淋巴，良性转移。对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗。症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术。
发生巧克力囊肿主要的病因是内分泌的因素，其次，分娩多次流产可引起输卵管堵塞，也是巧克力囊肿的病因之一，性生活过于频繁，也是导致巧克力囊肿的重要原因。也可能和压力过大等因素有关。
巧克力囊肿的早期症状是痛经，且呈进行性加重，有的也可没有症状，是由于不孕症，去医院检查时才发现的。巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血。
卵巢内的经血越积多，会形成囊包，外观呈巧克力糊状，是形成卵巢巧克力囊肿的原因。卵巢巧克力囊肿可以在没有诱因情况下自发进行破裂，再经前期性生活，粗暴或剧烈时会导致囊肿破裂。
主要是具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢上，并且随着卵巢周期性的变化而发生变化，比如在周期性的子宫内膜脱落出血形成临床月经的时候，种植在卵巢上的子宫内膜也会出现周期性的出血现象。
内分泌因素：内分泌失调对囊肿形成有重要影响。输卵管阻塞：输卵管发生气质型病变，发生堵塞现象，则排不出去的卵子堆积在卵巢内，就形成了巧克力囊肿。性生活频繁：性生活频繁也是导致卵巢巧克力囊肿的重要原因。流产过多。