卵巢发育不全的原因有：下丘脑性不排卵。例如原发性的器质性因素、原发性的功能性因素、继发性器质性病变以及继发性功能性因素等，这些都有可能会导致女性下丘脑异常，严重的甚至还会导致女性不孕。还有就是卵巢病变。
卵巢发育不全的原因有：垂体问题：导致排卵异常的常见疾病，包括垂体泌乳素瘤、高泌乳素血症、及席汉综合征等，高泌乳素水平可抑制排卵。此外，下丘脑性不排卵原发性器质性因素、原发的功能性因素、继发性器质性病变、继发性功能性因素也可导致卵巢发育不全。
一般情况下，小儿先天性卵巢发育不全又叫特纳综合症，特纳综合症是一种性染色体病，这可能是父亲的精子或者母亲卵子发育异常，导致孩子体内只有一条X染色体引起的。如果小儿患有特纳综合症，可能会出现青春期不发育、原发性闭经、身材矮小等情况。临床上，对于特纳综合症的治疗，一般可以使用雌激素进行治疗。如果小儿患有特纳综合症，家长应及时带其去医院就诊，在医生指导下进行治疗，以免给身体带来更多不良的影响。
先天性卵巢发育不全：性染色体异常比如Turner综合征，XO/XY性腺发育不全。性腺发育不全：比如46，XX单纯性腺发育不全，47，XXX性腺发育不全，这些疾病的病人就没有卵巢组织，其卵巢全部被纤维组织所取代。
产前因素，如先天畸形、遗传缺陷、子宫内感染、先兆流产、母体接触毒性物质、放射线损害、妊娠高血压等。产时因素，如难产、分娩时胎儿脐带由于下垂及绕颈等原因造成脐带供血中断、新生儿窒息、巨大儿及低体重儿、早产未成熟儿、产伤等原因造成的。
小儿先天性卵巢发育不全可能是染色体异常、早产等原因引起的。小儿先天性卵巢发育不全的发生是由于在细胞减数分裂或有丝分裂时，完全或部分丢失1条X染色体，从而导致染色体异常，从而导致卵巢发育不全。此外如果患儿是早产儿，可能在卵巢发育没有完全的时候产出，也会造成小儿先天性卵巢发育不全。建议家长及时带孩子去医院治疗，以免影响孩子的生长发育。