除了因怀孕和绝经引起的生理性闭经以外，其他的闭经都是由于各种病理因素引起的病理性闭经，对于闭经的治疗需要先查明原因：1、因为卵巢功能早衰引起的闭经，可以考虑使用雌孕激素进行替代治疗。2、因为子宫内膜结核引起的子宫性闭经，需要积极治疗原发疾病。3、因为高泌乳素血症引起的闭经，需要适当的服用药物，降低泌乳素水平。同时也可以配合中药进行治疗。
通常来说，中医可以通过物理治疗、使用药物等治疗闭经。
1.物理治疗：如果不便于使用药物，建议患者进行物理治疗，比如艾灸肾盂穴、关元穴、太溪穴、神阙穴、太冲穴、中极穴、神阙穴等穴位。
2.使用药物：如果是气滞血瘀导致的，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有逍遥丸、越鞠丸、麝香保心丸等，有助于缓解症状。
闭经者可采用雌激素治疗促进生殖器官发育，子宫内膜已获得对雌、孕激素的反应后，可采用尿促性素联合人绒毛膜促性腺激素治疗，促进卵泡发育及诱发排卵，由于可能导致卵巢过度刺激综合征所以使用诱发排卵时必须由有经验的医师在有B超和激素水平监测的条件下用药。
减少咖啡因和酒精：含咖啡因、酒精的饮料将刺激某些荷尔蒙分泌，而诱发皮肤发热。饮食中应避免乳制品：酸奶、乳制品、糖、肉类易造成皮肤发热，所以饮食中应尽量避免乳制品。可以多吃生菜、海带、鲑鱼(含骨)、沙丁鱼等。
生理性闭经主要是调整不良情绪，避免压力过大，合理饮食，不要服用减肥药，避免反复人流。病理性闭经还需要积极的治疗病因，同时可以用性激素替代疗法，如果有生育要求还可以诱发排卵，促进怀孕。