巧克力囊肿的医治要卧床休息，注意观察症状，可以服用一些活血祛瘀、攻坚破积等的药物。卵巢出现囊肿是很常见的妇科疾病之一，有良性肿瘤和恶性肿瘤之分，大多数是良性的，只有少数没有及时发型的为恶性囊肿。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，是异位的囊肿长到了卵巢上，每次月经时也会剥脱出血，反复积攒一些陈旧性的血液，类似液体的巧克力，所以称之为巧克力囊肿。如果巧克力囊肿体积较大，或者由于一些外力或其他原因导致破裂，破裂后囊肿内的液体流出，就会对腹膜产生较大的刺激，因此会出现剧烈的腹痛。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的病理表现，异位的内膜与子宫内膜一样，随卵巢激素的变化而发生同期性出血和其周围组织纤维化，但因其血液不能像经血一样经阴道排出，而是积聚在局部并形成潴留囊肿。卵巢巧克力囊肿因多种因素而发生自发或在外力影响下的破裂，破裂可反复发生。破裂后陈旧性血液溢入腹腔，引起剧烈腹痛，恶心呕吐等，常须急诊处理。囊肿破裂多发生于经前期及月经期。
巧克力囊肿破裂后会有阴道出血、腹痛等症状。建议及时去医院就诊，在指导下进行针对性治疗，平时要注意休息，不要劳累，避免剧烈运动，注意个人卫生，勤换洗内裤，保持外阴的清洁干燥，不要吃生冷辛辣刺激性的食物。
克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。宫外孕时引起的输卵管破裂大出血，可危及生命。巧克力囊肿生长到一定阶段，就会引起输卵管粘连、堵塞，破坏输卵管的正常生理功能，从而导致继发不孕症。适当多吃一些优质蛋白质、B族维生素、叶酸、铁、钙等营养物质，如鸡蛋、猪肝、牛奶、豆类及其制品、新鲜蔬菜、蘑菇、木耳、海带、紫菜、鱼类等。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。