女性巧克力囊肿是妇科常见疾病要及时手术的，一般要一两个星期的，术后恢复需要一个月。巧克力囊肿是卵巢的子宫内膜异位症。手术不能治好。术后必须配合药物产生闭经疗法防止复发。
巧克力囊肿复发的时间是不确定的。如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。避免复发可以在宫内上节育环。
巧克力囊肿微创手术是在腹腔镜下做的手术。全身麻醉成功后，在腹部打3-4个小孔，约0.5-1.5公分，充入二氧化碳气体，再行手术治疗。手术的方式是因年纪、症状、有无生育要求、内异症分期等来综合考虑的，分为保留生育功能手术、保留卵巢功能手术。手术结束后，再放掉充入的气体。
卵巢巧克力囊肿微创手术费用15000元。包括从住院到出院的费用，不包括术后出院复查的费用。根据医疗条件的不同，收费标准是不一样的，通常一线城市的医疗条件好，费用高达16000元。
巧克力囊肿微创手术其复发的几率可以达到60%以上，由于巧克力囊肿是内膜异位引起，所以在腹腔镜手术以后，巧克力囊肿都很容易复发。为了预防复发，在手术以后，需要肌注曲普瑞林针来造成假绝经，以使残留内膜完全坏死。