子宫内膜异位症的确诊主要是根据病人的症状，在月经期的时候会出现明显的痛经症状，通过B超检查在附件区，尤其是卵巢上会发现有巧克力囊肿，可以确诊为子宫内膜异位症。如果是子宫腺肌症，会伴有月经量增多，并且有进行性加重的痛经，导致不孕不育。通过B超检查会发现，在子宫肌层会有多个囊性的暗区，结合临床病史可以诊断子宫腺肌症。
子宫内膜异位症要抓住早期治疗，控制子宫内膜异位症发展，防治疗后复发。子宫内膜异位症的治疗方法很多，有手术治疗，西药及中药治疗。西药治疗子宫内膜异位症：多为以假孕疗法为基础。中医中药治疗子宫内膜异位症：具有缓解疼痛、调经助孕、改善症状等显着疗效，同时通过对内分泌、血液流变学、生殖、前列腺素合成于代谢及免疫等方面进行调节，改善生殖系统的功能，以达到提高受孕率的目的。
医治可通过如下方法。假绝经疗法：使用促性腺激素释放的药物，强烈地抑制卵巢的功能，使其几乎完全失去作用，从而达到治疗目的。假孕疗法：用孕激素类药物，以更大的剂量不间断地长期服用，使得月经停止来潮，子宫内膜及异位的子宫内膜在药物作用下发生类似妊娠的反应。
子宫内膜异位症有西医手术治疗与中医保守治疗。手术治疗：分保守手术及手术两种。年轻或尚需保留生育机能的女性，可行子宫内膜异位囊肿剥除术及病灶切除术为保守手术；对不要再生育的女性，可行全部子宫及病灶切除，保留一侧或双侧部分卵巢，术后辅以药物治疗，复发率较低；近绝经期的妇女可行手术，行全子宫、双卵巢、输卵管切除术以及病灶切除术可避免复发。
子宫内膜异位症怀孕后不会好，怀孕之后对子宫内膜异位症会有一定的治疗作用的，不会对宝宝有不良影响，但是子宫内膜异位症的可能受孕率会比较低一些。如果可以成功受孕不需要特殊处理了，如果不能成功受孕，再治疗子宫内膜异位。
针打在臀部。子宫内膜异位症的治疗，主要是看病人的病情轻重程度，来决定治疗的方式。在药物治疗时一般采用口服的放式来进行治疗，有些病人可以采取肌肉注射，也就是打针的方式。