怀孕三个月的话肯定是不能够药物流产的。药物流产只针对于怀孕49天之内。需要做人工流产手术的，胚胎停育后没有自行流出不是因为母体健康才未流出来的，胚胎停育时不能自行流出的。
怀孕初期确诊胚胎停育，应及时进行人工流产处理。另外，引起胚胎停育的原因很多，如染色体异常，母亲服用了药物，母亲患有慢性疾病、受外界刺激引起的，可以做可视取胚，同时检查胚胎染色体和宫腔环境。术后查找难孕和流产原因，如果继往做过流产手术还得考虑抗胚胎抗体的检查。
分析：引起胚胎停育的原因很多，主要有以下几个方面的原因：胚胎发育不全，孕卵异常；胎盘发育不良、母儿血型不合；女性内分泌功能失调、生殖器官疾病；女性孕期全身性疾病；女性孕期外伤、情绪急骤变化；男性精子质量问题，如发育异常、畸形等；以及男女双方中存在染色体异常等。下一次孕前做全面的孕前检查，避免重蹈覆辙。查明具体原因后，针对性治疗，效果是很好的。去当地正规的大医院咨询后进行检查治疗。
正常胚胎，一旦出现胚芽，都会有胎心可以探测到，如果停经已经8周左右，考虑胎停育，应该尽快流产。已经出现胚胎停育，是没有存活的几率了，建议及时行人工流产手术。
怀孕三个月的胎停育，这有可能是孕酮水平低下，或者是染色体异常引起的。及时去医院治疗，可以在月经期间，以及来月经前一周之内抽血化验激素六项。了解孕酮的水平是否过低，可以反应卵巢到黄体功能。如果水平低下的话，可以在月经后半期，口服黄体酮做周期治疗。
如果确定停止发育，只能进行流产，但胎儿停止发育有许多原因。不能排除夫妻双方的染色体异常是由宫寒、外伤或疲劳引起的。因此，流产后应注意调理，身体恢复后应进行全面检查，以确定胎儿停止发育的原因，并进行对症治疗。