考虑卵子与精子质量问题、染色体问题、妇科疾病、内分泌问题等引起的，具体是需要去医院检查一下的，检查后对症治疗。如染色体异常，精液异常，炎症，内分泌失调，病毒感染或母儿血型不合等。大部分自然流产时胎儿染色体异常引起的。
自然流产流血量很少可能是流产比较彻底导致的。
自然流产时，如果患者的子宫里剩余的组织成分不多，淤血也不多，一般不会有太多流血的情况。如果担心存在感染的问题，需要在专业的医师的指导下口服一些药物来缓解。当然，也有可能出现不完全的流产，所以一般在自然流产后10多日内要去做B超检查，以了解子宫的恢复状况，同时要多休息，不要吃太冷、辛辣刺激的东西。
自然流产以后出现腰痛，考虑是在流产以后未得到及时的恢复，而导致的后遗症。在自然流产以后，一定要注意休息，避免劳累，不要吃辛辣、冰冻的食物以及冷饮。在流产的时期，女性的机体抵抗力比较弱，如果不注意外阴的清洁卫生，很容易导致子宫内膜炎、盆腔炎及附件炎。
如果是精子或者卵子有问题，会造成精子和卵子的结合，从而产生的受精卵质量差，也有可能是孕妇和胎儿血型不合造成的。当然，在怀孕的时候，胎盘的发育也会受到影响，导致胎儿生长缓慢，甚至是导致胎儿死亡。还有就是在怀孕的时候，如果情绪波动很大，很容易导致流产。如果是因为自身的子宫发育不良，或是患有子宫肌瘤等疾病，都会造成自然流产。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。
大多数原因自然流产都是因为染色体有异常。怀孕后有两次无胚芽自然流产了，要高度注意，连续三次以上是习惯性流产了。先考虑是双方生殖细胞有质量问题，另外要考虑是不是有免疫因素，需要采血检查各种抗原抗体，及早查找病因。
怀孕3个月自然流产有一定的原因，怀孕3个月还属于早期流产，引起早期流产的原因比较多，胚胎停止发育有的是胚胎本身发育不好，自然死亡，有的是激素不足以支持胚胎发育，造成死亡.或宫腔畸型使胚胎无法生长.一些疾病如糖尿病，甲亢等也会使胚胎停止发育.造成胚胎发育异常的原因有遗传因素，有无感染，是否接触放射性物质，有毒的化学制剂，是否吃了孕期禁忌的药物，高温，过度受刺激等。