巧克力囊肿的手术一般是采用分离钳将囊肿进行剥除，然后将卵巢组织再进行缝合，从而能够保证卵巢正常的分泌和生殖功能。如果巧克力囊肿不能够剥除，而切除的卵巢组织较多，那么会降低卵巢的内分泌和生殖功能，严重者会导致卵巢功能早衰的情况发生。
巧克力囊肿子宫内膜异位症的一种，是外源性子宫内膜异位症的一种，这种病在西医上北称为：“不死的癌症”是一种经久反复的疾病。这种病中医保守治疗。中医保守治疗只要对症就能见效，中医保守治疗后复发率低。对于有生育要求的，建议中医保守治疗。
手术后2个月内复查。如果你想检查卵巢囊肿，通常在月经干净后通过b超检查。与上一个结果相比，是否有渐进增长。如果典型的卵巢子宫内膜异位症囊肿可以通过病史、妇科检查结合B超诊断，但这不是金标准。其实有些卵巢子宫内膜异位囊肿的诊断比较困难，甚至需要腹腔镜诊断。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位症导致的，是因为一位的子宫内膜随着月经周期发生周期性出血，但是血液无法正常排出，所以局部会出现肿大和疼痛，囊肿内的血液因为长期不能排出呈巧克力状。巧克力囊肿一般选择的是腹腔镜手术切除，属于微创手术，术后身体恢复较快，费用2千-3千元。
腹部手术后不同程度都有粘连，饮食清淡低盐易消化，避免难以消化的食物及刺激性食物饮料等，避免暴饮暴食。要加强营养，注意禁止辛辣的情况，配合多食新鲜的水果蔬菜较好，观察平时的月经情况是否正常，同时建议定期配合复查彩超情况较好的，注意休息。
治疗巧克力囊肿不一定要切除卵巢，需要根据病人的具体情况来定。巧克力囊肿是女性患有子宫内膜异位症的一种病变，巧克力囊肿的发生主要是由于女性在月经期间出现子宫壁脱落出子宫内膜碎片引起引流不畅，导致经血不能完全从阴道排出，有少量的经血经过输卵管向盆腔倒流，从而发生血瘀，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿。