药流没有完全流干净，宫内存有残留物，不进行清宫处理，会小腹持续性疼痛，或者是长时间阴道不规则出血，甚至还会导致宫内感染，产生子宫内膜炎或者是盆腔炎。残留组织就会产生疾病。
药流以后，不清宫可能会留下后遗症。会影响到下一次受孕。采取什么样的治疗需要和家人商量才能决定，要到正规医院检查身体，早发现早治疗，以免延误病情。在日常生活中也要注意保持精神愉悦，放松精神，注意休息，加强营养，不要熬夜，注意防寒保暖。
药流不干净、不进行清宫手术，很容易导致残余的胎囊组织留在子宫内，还有可能继续生长。如果药流不全、不清宫，还容易导致子宫感染，诱发各种并发症，还会损害子宫内膜，破坏胎儿着床的部位，进而引发女性发生不孕。还有可能导致女性出现大出血等现象，有可能会导致休克、贫血，甚至是危及女性的生命安全，药流如果没流干净，必须进行清宫手术。另外，还有可能会导致子宫感染，诱发子宫内膜炎、盆腔炎、附件炎等其他的炎症。
药流有残留不清宫会造成月经周期紊乱，月经过多。残留组织就会发生疾患，就是变成硬的，和子宫肌壁难以区分。这个时候，女性就会出现月经周期的紊乱。因为残留组织机化之后，会影响子宫内膜正常的修复和正常的剥脱，也就是会影响女性月经周期，比如出现来月经的时候月经量比较多，或者是月经时间持续比较长。残留组织面积比较大，还会影响受精卵正常的着床，也就是影响正常怀孕。建议：一般在药流后7天去医院复查，宫腔内有残留，如果出血不多可以观察，如果出血多必须第一时间做清宫术。
如果确认是没流干净，就必须及时进行清宫手术，如果不清宫会得严重的妇科炎症，对以后生宝宝也是有很大影响。药流会有失败的风险，当药流不干净，就必须进行二次进行清宫，否则会导致宫内感染，盆腔炎，附件炎，输卵管炎合并堵塞，不孕不育等，甚至引起大出血危险生命。建议到正规医院做药流，休息1-2周，避免干重体力活和冷水作业，以免身体抵抗力降低而诱发其他疾病。同时还要加强营养，多吃高蛋白及补气血的食物，有利于术后身体的恢复。
如果残留物比较小，可以先通过药物看看能不能排出来，如果比较大不清宫后果会很严重，残留在子宫内时间长了会大出血，感染，机化在子宫壁上会影响以后生育，需要及时行清宫术。