生长在卵巢的巧克力囊肿，囊壁常常很糟脆，在手术分离过程中，几乎没有不发生破裂的。这一特点提示巧克力囊肿可能具有一种自发破裂的倾向，实际情况也是如此。囊肿破裂后，小的破口可以很快自行愈合，并与周围组织形成粘连；如果破口较大，则无法自行愈合，其浓稠的巧克力样囊内液可流入腹腔，这种巧克力样液体的刺激性极强，可刺激周围的腹膜，引起剧烈的腹痛，如果处理不及时，还可能导致弥漫性腹膜炎，造成致命的后果。
一般囊肿的直径小于5厘米，多为功能性囊肿，月事来后会自行减小或者消失。可以密切随访，现在只要月事按时来潮，这个就没事，月事有推迟的情况，可以使用调经药物控制治疗下。可以调理下月事，也可以使用些软坚散结的药物，使用抗生素是没有意义的等月事干净后再去复查即可。
巧克力囊肿比较大，破裂，或有不舒服的症状，需要手术治疗。手术方法有两种，一种是开腹手术，一种是腹腔镜手术。建议情遵照医嘱治疗，术后少吃辛辣油腻生冷刺激的食物，避免受凉，避免熬夜，定期复查。
巧克力囊肿破裂要住院观察进行手术，一般破裂后易导致腹痛或者易导致宫内感染的情况，所以应该注意安全，遵医嘱积极清洗消毒看一下，注意卫生较好，同时建议观察出血量较好的，暂时应该禁止性生活预防交叉感染的可能，注意安全，建议观察体温变化的。
因为本身巧克力囊肿是因为子宫内膜异位引发的。如果没有来月经，一般不会加重病情的。用药是否有效，只有检查B超观察，囊肿是否增长只有观察无法预测，复查B超观察。忌辛辣。
术前都需要对女性病人进行半麻醉处理，但是切除囊肿的手术过程是不同的。开刀切除手术方式需要先对女性病人的腹部进行开刀，然后再找到病人的囊肿部位，进而进行人工摘除操作，最后再将病人的腹部进行缝合。