即使是怀孕生育后也是有复发的可能的，但是几率比较小。有生育要求的病人，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。可以在经指导下选择恰当的治疗方式。
巧克力囊肿术后是能怀孕，所以不要担心，需要看一下平时的月经情况的，怀孕前需要全面体检看一下，注意看看经期的情况是否规律或者预防囊肿反复的情况，巧克力囊肿，属于子宫内膜异位症的一种临床表现。因为妊娠可使子宫内膜停止生长，所以巧克力囊肿术后应尽早妊娠可以提高受孕几率。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
出现了巧克力囊肿，已经到医院做了腹腔镜手术治疗，时候建议在半年之后不可以怀孕的。目前做了巧克力囊肿的腹腔镜手术治疗，还需要使用一些抗生素药物进行抗感染治疗的，如果准备怀孕，可以到医院妇产科就是考虑需要做腹部彩超检测，而且还需要做卵巢功能检查的。
卵巢巧克力囊肿患者也可以怀孕，但与正常女性相比不孕率较高。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，子宫内膜异位症患者不孕率高达40%。不孕的原因很复杂。
例如盆腔微环境变化、精子卵结合和转运影响、免疫功能异常导致抗子宫内膜抗体增加、子宫内膜正常代谢和生理功能破坏、卵巢功能异常导致排卵障碍和黄体形成不良等。
子宫内膜异位症的治疗，以缩小和清除病灶、减轻和控制疼痛、治疗和促进生育、预防和减少复发为根本目的。
巧克力囊肿需要大约半个月的时间来恢复怀孕前的身体，并且疾病会在怀孕后恢复正常。手术后准备的妊娠越早，妊娠的可能性就越高。经过一段时间后，疾病复发了。此外，这种疾病的复发率很高。随着时间的推移，怀孕的能力会逐渐下降，手术后是最容易的时期。