针对巧克力囊肿有两种治疗方法：进行手术切除治疗。严重的应该选择此方法。艾灸治疗。此方法更适用于前期理疗和术后疗养，比较温和无害。打针虽然可以一定程度地抑制巧克力囊肿增长，但同时也会人体记忆力，抵抗力等方面产生影响。
巧克力囊肿手术后会复发，打针是为了巩固效果防止复发。如果不打闭经针，那么来月经的时候，那些不正常的内膜还是会继续生长。一旦需要怀孕，停止用药，月经会立刻恢复，不需要担心。
巧克力囊肿打针有一定的疼痛，要治疗卵巢囊肿还得从改善自身的体质开始。多吃碱性食品，同时补充人体必须的有机营养物质，恢复自身的免疫力。宜多吃具有抗肿瘤作用的食物鳖、龙珠茶、山楂、芝麻。忌烟酒、葱蒜椒等刺激性食物。忌肥腻、油煎、腌制食物。忌羊肉、胡椒等温热动血食物。
可以看一下中医，可以根据病情采取中药进行治疗。平时注意休息，避免劳累，不要吃高脂肪食物和油腻食物，通过西药激素注射可以控制囊肿，中药局部用药，通过皮肤吸收，可促进活血化瘀，达到治疗疾病目的。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种。正常子宫内膜生长在子宫腔内，如果这种子宫内膜组织生长在盆腔的其他部位，就形成子宫内膜异位症。巧克力囊肿手术切除还需要用药物预防复发，所以需要打针来消炎，一般至少要打三针。
巧克力囊肿是属于子宫内膜异位到卵巢引起的临床表现，子宫内膜异位症是指有活性的内膜细胞种植在子宫内膜以外的位置而形成的一种女性常见妇科疾病。临床常见症状为痛经，月经异常，不孕，性交疼痛等。术后药物治疗是规范月经周期，卵巢早衰与治疗无必然关联性。