如果只是在显微镜下发现了阴道念珠菌菌丝，没有任何的不适反应，并不需要进行任何处理。一般情况下，可以通过外用药膏来进行调理，但由于念珠菌性阴道炎的病情不同，治疗方法也不尽相同。如病人为复杂的念珠菌感染，一般需用药物超过2个疗程。妊娠期间有念珠菌感染，可以使用少量的外用药物，这样会更保险一些。
女性复发型的阴道念珠菌感染一般一年发生4次或4次。
念珠菌性阴道炎应改变阴道的酸碱度，如用碱性药物冲洗阴道。药物治疗：消毒凝胶局部涂擦，口服酮康唑等。孕妇患霉菌性阴道炎需及时治疗。对于男性带菌者也必须进行常规治疗，微波治疗。
内服加外用治疗好。可以先用杀菌溶液涂擦或清洗患处，然后使用含有消炎类的药物阴道内放置达治疗，同时口服抗感染药物可以有效治疗，一般5-10天为1个疗程，日常生活上要保持卫生，内裤暴晒。
念珠菌性阴道炎可以在遵医嘱行夫妻双方同时治疗，治疗期间禁止性生活。穿着衣物须透气，不要穿着连裤袜或紧身牛仔裤。穿棉质内裤，并且勤换，清洗外阴的毛巾和盆要单独分开。洗后的内裤要放在太阳下爆晒。
中医治病特别注意不同的证候和不同的体质，给予不同的药物。一般讲，生殖器念珠菌病是以阴痒、白带增多为主要特征的一种疾病，故中医又称本病为带下病、阴痒病，临床上常根据白带的量、色、气味及全身状况予以辨证施治，一般分为阴虚内热证、肝胆湿热证和脾虚湿热证三型论治。
去国家正规医院接受治疗，对症下药，穿棉质内裤，并且勤换，清洗外阴的毛巾和盆要单独分开。洗后的内裤要放在太阳下爆晒，不要晾置于卫生间内。穿着衣物须透气，不要连续穿着连裤袜或紧身牛仔裤。