一般来说，对于右侧卵巢囊肿直径小于5cm，且患者没有任何不舒服的表现，对于这种情况可以考虑月经干净之后复查妇科彩超。对于右侧卵巢囊肿直径大于5cm，且复查妇科彩超持续存在，或患者合并有急性的下腹痛等，则建议患者前往医院就诊，在医生的指导下通过患侧附件切除术，患侧卵巢囊肿剥除术等方式进行治疗。
此外，患者应该注意局部卫生，同时注意适当运动，有助于改善症状。
囊肿直径小于5厘米，且无检查结果提示肿瘤则多为功能性囊肿，可2-3个月检查一次，没有不良性征，不予处理。若囊肿继续增大尤其大于5厘米者或者突然下腹部阵发性绞痛可能是肿瘤性囊肿或发生了囊肿扭转或破裂则应手术并确定其良恶性。
怀孕早期发现有右侧卵巢囊肿，是需要定期复查，以后只要囊肿体积不再增大，也是良性的，一般是需要等到分娩以后再去治疗。由于卵巢分泌雌激素和孕激素，水平比较高，所以会有黄体囊肿的形成。如果是黄体囊肿，彩超提示多为液性。如果怀孕之后，B超提示有卵巢囊肿，但是，卵巢囊肿有实性回声，或者点状回声，就需要做肿瘤标志物检查，进一步确定囊肿的性质。
卵巢囊肿出现扭转需要及时进行外科治疗。
在手术前，不管病人的年纪，都要用肌肉注射止痛药。此外，如果出现了卵巢囊肿，应立即去医院做检查，以免内容物进入腹腔后出现的创面仍然存在，从而导致感染，因此要进行检查和处理，以免损伤到胎儿。卵巢囊肿一般要在怀孕12个星期左右进行检查，如果是生理上的卵巢囊肿，会在怀孕12个星期内逐渐变小。在妊娠期间，怀孕妇女体内的雌性荷尔蒙很可能会不平衡，以致无法保持胎儿的生长。建议口服促进孕酮合成的药物，具体情况取决于囊肿的具体情况。
一般情况下，如果早孕期发现右侧卵巢囊肿，需要根据孕妇的具体情况来选择治疗方案。
在早孕期发现右侧卵巢囊肿后，如果卵巢囊肿不再持续的增大，也没有其他任何的异常症状，可以每两个月去医院做子宫和卵巢的B超检查，观察胎儿生长情况以及卵巢囊肿的生长情况，如果不再持续增大，先不用进行处理，将胎儿顺利生下后再进行治疗；如果卵巢囊肿持续增大，建议终止妊娠，然后再通过药物、手术等方式进行治疗，以免给身体造成不可逆的伤害。
女性在孕期出现的右侧卵巢囊肿，如果囊肿的体积不超过4cm，就是生理性囊肿，因为妊娠后雌激素和孕激素的水平出现了变化，所以出现了黄体囊肿或黄素化囊肿。
如果是在妊娠之前就有，但是怀孕后生长速度加快，囊肿体积增大，那么就有可能是病理性的囊肿，这种情况下要根据B超判断囊肿的性质，5cm以上的良性和恶性囊肿都要做手术。