巧克力囊肿的症状有月经量增多、痛经、有血块。会出现经期下腹部疼痛且疼痛逐渐加剧。手术治疗是比较好的治疗方式，药物可以抑制病情，不能彻底的治好，对于巧克力囊肿，应该考虑手术，治疗时要谨遵医嘱，根据个人的身体情况，制定专门的治疗方案。
轻度巧克力囊肿又名卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。常见的有痛经、下腹痛、经期发热，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重，性交疼痛也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显，还会出现不孕及月经失调等症状。
巧克力囊肿的早期症状有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调。
巧克力囊肿属于异位内膜出血引起，随月经而增大，长时间反复出血，机化后形成囊肿，但是在怀孕期间因月经停止，囊肿很可能会逐渐缩小，怀孕后由于没有月经，巧克力囊肿会慢慢萎缩，甚至消失。
巧克力囊肿复发时，疼痛，巧克力囊肿病患会不同程度的出现小腹疼痛，白带异常、月经紊乱失常。不孕症，将近一半的病患因盆腔器官的粘连，使输卵管的蠕动受阻而造成不孕不育。痛经，夫妻性生活中还会伴有疼痛感出现。
巧克力囊肿每次月经期时，异位的子宫内膜细胞也少量出血，出的血又不象子宫内的月经血有通道排除体外，而是由腹膜包裹，再出血再包裹，月复一月地积聚，其间也由腹膜吸收一部分，剩下的变成一种陈旧性积血，颜色如同巧克力样地咖啡色。