药流不干净、不进行清宫手术，很容易导致残余的胎囊组织留在子宫内，还有可能继续生长。如果药流不全、不清宫，还容易导致子宫感染，诱发各种并发症，还会损害子宫内膜，破坏胎儿着床的部位，进而引发女性发生不孕。还有可能导致女性出现大出血等现象，有可能会导致休克、贫血，甚至是危及女性的生命安全，药流如果没流干净，必须进行清宫手术。另外，还有可能会导致子宫感染，诱发子宫内膜炎、盆腔炎、附件炎等其他的炎症。
如果残留物比较小，可以先通过药物看看能不能排出来，如果比较大不清宫后果会很严重，残留在子宫内时间长了会大出血，感染，机化在子宫壁上会影响以后生育，需要及时行清宫术。
药物流产之后经过B超检查，发现宫内有残留，如果不想清宫，可能会造成宫腔内的感染。因为宫内有残留物，就会有阴道流血，阴道流血时，宫颈口是开放的，阴道内的细菌就会进入到宫腔而引起感染。另外，如果药流没有干净不做清宫，残留的组织物与子宫壁之间就会出现剥离的情况，这种剥离就会造成阴道内大量的出血，甚至造成失血性休克的可能性。所以，如果发现药物流产之后没有流干净，尽早的清宫手术。
流产没流干净，如果不及时进行清宫，残留物就会残留在宫腔或者是堵塞宫颈口，时间长了就会引起宫腔的炎症，还影响子宫的收缩，导致出血时间长。长时间可能会引起输卵管的炎症以及整个盆腔的炎症，导致不孕的产生。
药流没有完全流干净，宫内存有残留物，不进行清宫处理，会小腹持续性疼痛，或者是长时间阴道不规则出血，甚至还会导致宫内感染，产生子宫内膜炎或者是盆腔炎。残留组织就会产生疾病。
流血时间长，继发感染，导致子宫内膜炎，盆腔附件炎，有继发不孕的风险。子宫内有异物滞留，残留物比较大，就要清宫治疗，人流后会出血3-10天左右，如果出血时间过长的，就要考虑有些宫内残留物，没有流干净也不行清宫术的话，是非常危险的，可能发生感染，最为常见的感染是附件炎、盆腔炎、子宫内膜炎、子宫肌炎等，主要表现为腹部压痛、腹痛和反跳痛，而且阴道不规则出血或者是长期有少量血流出，颜色暗红、有异味。根据医生的医嘱按时服药，注意观察出血的情况，同时注意会阴部的清洁和卫生，饮食上注意，避免生冷辛辣，刺激性食物等下次月经干净后再次复查。推荐妇产科。