主要有胚胎发育不全，内分泌功能失调，生殖器官疾病，孕妇全身性疾病，外伤，情绪急骤变化，胎盘发育不良，母儿血型不合等原因造成自然流产。在妊娠头两个月的流产中，约有80%是由于精子和卵子有某种缺陷，以致胚胎发育到一定程度而终止。
早期流产的原因比较多，有可能是情绪方面过于紧张或者激动；有慢性消耗性疾病或者急件传染病；染色体结构与数目的异常；内分泌失调导致体内孕酮值偏低；基础性疾病或者先天精子与卵子质量不好，接触放射性或者化学性物质等。建议下一次备孕前夫妇双方详细检查一下比较好。明确原因进行针对性治疗后再要宝宝更好。
自然流产对许多年轻的女人来说都是一种心理上的损伤。自然流产在各个阶段有差异。
1、过早自然流产的最大病因就是胎儿的生长发育，在精卵融合的时候，会出现精子或者卵子不正常，或者是不健康的，80%的人会在怀孕3个月以内自然流产。
2、妊娠中期或者妊娠后期自然流产对女性造成的损害比较严重，主要是因为其他的一些问题，比如胚胎的生长，或者是子宫功能不全等。
怀孕后自然流产可能是胚胎或胎儿染色体异常、感染性疾病、黄体功能不全等原因造成的。
1.胚胎或胎儿染色体异常：胚胎或者胎儿出现染色体的数目或者结构异常时，可导致胚胎或者胎儿无法正常发育，引起自然流产的现象。
2.感染性疾病：如果孕妇出现了带状疱疹病毒、风疹病毒等感染，会导致病原体通过母体传染给胎儿，对胎儿的发育造成一定的影响，严重时也会引发自然流产。
3.黄体功能不全：如果孕妇出现了黄体功能不全，导致孕酮分泌不足，影响到胚胎或者胎儿的发育，使孕妇出现了自然流产。
4.其他：严重贫血、过度紧张、不良生活习惯等也可能会引起怀孕后自然流产的现象，需要做相应的鉴别和诊断。
自然流产的原因是非常多的。最常见的就是妇科炎症引起的，也有孕酮低下。可以去正规医院做个孕酮，血HCG的检查，了解激素是否正常，怀孕前三个月是需要非常注意的，不小心很容易流产的，大部分情况考虑是受精卵发育不好的原因。