巧克力囊肿手术可以选择开腹及腹腔镜两种。如果是开腹手术需要5千元-6千元；如果是选择微创手术腹腔镜，费用要高些7千元-9千元；因为巧克力囊肿的特殊性，术后是需要服用药物或是打针防止复发的。根据做的方法不同费用5千元-8千元；术后需要应用防止复发的药物。
巧克力囊肿穿刺手术主要是在彩超引导下使用穿刺针经阴道后穹隆刺入巧克力囊肿内将液体吸出来。手术并不是很大，但是手术之后巧克力容易复发，而且容易造成巧克力囊肿在穿刺部位种植导致内异症的发生。
卵巢囊肿穿刺术后，如果是经阴道穿刺的，两周之内不要有性生活，注意消炎，其它的没有什么特别注意的。你这期间不要吃辛辣刺激性的食物，以后尽量采取安全措施同房比较好。
巧克力囊肿穿刺抽液术后最少需要休息一个月的时间再同房，一周内适当卧床休息，禁盆浴及阴道冲洗，勤洗勤换内裤，不要劳累，保持外阴的清洁，多补充营养，保持好的情绪。治疗期间也是不要吃太刺激性的食物，不要着凉，注意保暖。
巧克力囊肿是一种比较常见的妇科疾病，多见于年轻女性。巧克力囊肿的患病原因很多。主要是由于子宫内膜异位所引起的。同时与外部因素、遗传因素也有一定的关系。因为巧克力囊肿早期并无明显症状，巧克力囊肿采取穿刺抽液术，虽然可以比较大的程度保留生育功能。是二次复发的风险也比较低。一般半小时内就可以解决了。
腔镜手术治疗巧克力囊肿大多数人都是可以的，腹腔镜检查手术治疗能比较彻底的治疗巧克力囊肿，手术的效果要巧克力囊肿穿刺效果要好很多，术后第二个月就可以开始备孕，生孩子具体的手术费用因为各地的消费不同，费用的问题当地医院的主治医生。