手术对于身体有一定的损伤，术后多会出现这样那样的不适，常见的有疼痛、出血、月经不调等，肚脐周围疼痛大多是肠粘连导致的，可以使用热敷等方式缓解疼痛，多注意休息，考虑遵医嘱的状况选择按摩或者热敷改善不适。
女性有巧克力囊肿最典型的症状就是痛经。观察一下囊肿的大小来决定治疗方案。如果巧克力囊肿比较大，并且位置并不是很好，那么还是尽早的手术治疗比较好一些。可发生剧烈腹痛、甚至休克，并伴恶心、呕吐。只要确诊，即立即手术切除。
手术治疗，很多明确是巧克力囊肿的人，可以通过腹腔镜或者开腹的手术，进行巧克力囊肿的切除；药物治疗，药物治疗主要是通过调节体内的激素水平，控制月经，从而使囊肿变小。不管是哪种方式治疗囊肿，术后都要继续复查，因为巧克力囊肿有复发的可能。
巧克力囊肿是会引起小腹疼痛的。巧克力囊肿在月经期的时候会出现下腹疼痛的，月经过后疼痛消失。并且如果是在非月经期，当囊肿发生了扭转或者是破裂，那么也会出现小腹疼痛的现象发生。巧克力囊肿的形成，主要是由于子宫内膜异位到卵巢处，并且由于里面的液体呈咖啡色的，所以又称为巧克力囊肿，这种囊肿一般是双侧的较多。
可以根据先看囊肿大小，或许可以先开刀彻底切除囊肿，另外少吃补品类食物，避免囊肿增大。象是豆类，含有雌激素类的就要避免。也可在月经来潮期，多喝热红糖水。缓解痛经现象。
月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种囊肿内潴留的陈旧血瘀如巧克力糊状的颜色，故称它为“巧克力囊肿”。确诊后宜立即手术，做囊肿剥出术。