药物流产的伤害小，还是无痛人工流产的伤害小，都是相对而言的，需要根据病人的具体情况来分析。如果病人怀孕是在49天之内没有药物流产的禁忌，选择药物流产伤害最小。因为药物流产只需要使用合适药物和合适药物等药物，就达到流产的目的，不需要进行宫腔的操作，所以对病人子宫内膜损伤是比较小，而且不容易出现大出血，或者是感染等一些并发症，同时药物流产的花费也很少。
建议选择药物流产，药流出血少，痛苦小，子宫机械性刺激小，要尽快治疗子宫肌瘤。药物流产又称药流，近年来已广泛应用于临床。在怀孕早期不须手术、而用打针或服药的方法达到人工流产。应用药物使妊娠终止，是近20年来的新发展。目前是药物联合应用，前者使子宫蜕膜变性坏死、宫颈软化，后者使子宫兴奋、子宫收缩，促使胚胎排出。
子宫肌瘤怀孕药药流比较好一点，药流的优点是创伤小，药流对身体的损害也会小一点，身体恢复的快，费用低。药流是要求怀孕小于49天，且孕囊在子宫内的，都可以选择药流的。
怀孕有子宫肌瘤可能比较严重，需要根据孕妇的时间情况进行判断。
妊娠后患上了子宫肌瘤，首先要检查一下子宫肌瘤的体积，如果是3cm以下的，一般不会有太大的问题，但是如果是4cm以上的，就要进行定期的产检，因为太大的子宫肌瘤很有可能会发生红变性，孕妇会有发烧、腹痛等表现，如果是红色变性，一般都会选择采用药物进行镇痛消炎处理。
小于3cm左右的子宫肌瘤、长在子宫体部，包括浆膜下的这种情况，对受孕不会有太大的影响。如果子宫肌瘤长在宫颈的部位，或者是黏膜下，这种情况，对怀孕还是有影响的。如果子宫肌瘤小于5cm，长在浆膜下或者肌壁间，在备孕期间一般不会做特殊的治疗，顺其自然，就是进入正常的备孕状态。
子宫肌瘤能不能怀孕与肌瘤的大小、生长部位和数目有关，粘膜下肌瘤会影响受精卵着床，导致流产，大的肌壁间肌瘤可使宫腔变形，子宫内膜供血不足而导致流产，孕晚期，胎瘤妨碍胎先露下降和引起胎位异常、胎盘低置、产道梗阻等造成难产，胎儿娩出后，肌瘤会引起子宫收缩不良而导致出血过多，但如果是剖宫产，可以把肌瘤一起切除。