导致女性胚胎停育的原因是非常复杂的，而男子精子畸形是导致胚胎停育的常见因素，其次，男子染色体异常也可引起胚胎停育。如果发生胚胎停育的情况不能只让女性做检查，而应该让男性同时进行检查。
胚胎停育是因为一些生活的恶习而引起的，不改掉这些恶习，就算治疗以后，还是会复发的。胚胎停育是因为一些生活的恶习而引起的，不改掉这些恶习，胎停育一般是发生在孕早期，受精卵的质量不好就会出现停止继续生长。
胚胎停育的原因主要有四个方面。生殖内心泌方面，因为胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，分别是雌激素，孕激素，绒毛膜促性腺激素，如果母体自身的内源性激素不够，就满足不了胚胎的需要，就会造成胚胎的停育；生殖免疫的问题，如果自身有某种抗体，就会抵制胚胎的发育等。
如果是在妊娠早期，多为胚胎本身质量的不好，或者受精卵结合是偶尔的染色体变异，或者自然的优胜劣汰。如果是在顺利着床，正常发育的过程中，是胚胎发育的问题，或者是受到外界影响的可能。
胚胎停止发育可能跟男性精子质量差有关系，常见原因有染色体异常、免疫功能不全、内分泌功能紊乱、子宫内环境异常、遗传性血栓形成倾向、全身感染性疾病等女性危险因素、精子成熟障碍等男性危险因素、环境不良等因素。