主要方法有保守治疗、体外碎石、输尿管软镜碎石以及腹腔镜下输尿管切开取石术等。保守治疗适合5mm以下的结石，多活动多饮水大部分可以自行排出体外。2cm以下的结石可以体外碎石。输尿管软镜以及腹腔镜下切开取石，对大部分输尿管上段结石都适用。
泌尿系结石是泌尿外科常见病、多发病，包括肾结石、输尿管结石、膀胱结石和尿道结石。输尿管结石又可以根据结石的部位，分为输尿管上段、中段和下段结石。输尿管结石发病比较急，疼痛比较剧烈，常常需要解痉止痛治疗。如果是输尿管上段结石，结石直径小于0.5cm，常常可以大量饮水、口服排石颗粒、多运动等，结石多有可能随尿液排出体外。
输尿管末端的结石这个是因为输尿管末端比较狭窄，结石容易在这个地方卡住形成这个输尿管末端的结石，如何的质量主要是看这个结石的大小，如果不是很大，可以选择超声波碎石，超声波碎石以后多喝水配合药物，比如排石颗粒等，那么有机会排入膀胱，然后最后排出体外。如果是这个输尿管末端的结石已经卡住，没办法碎石，那么可以经过膀胱镜，然后逆行取石或者是用激光的办法进行取石。
如果输尿管结石小于0.6个厘米，这个时候可以选择保守的疗法，比如说多喝水、多运动、配合一些药物的治疗，当这结石它的大小比较大的时候，或者说结石的形态不光滑，要选择另外的方法了，比如说体外碎石，或者微创手术的方法。
肾积水伴输尿管结石可以通过一般治疗、药物治疗、手术治疗来改善病情。
1、一般治疗：当出现肾积水合并输尿管结石时，患者可能会出现恶心呕吐、腰腹部疼痛、排尿困难、血尿等不适，在治疗的过程中要注意多喝水，适当的运动，一般有利于缓解梗阻的情况。
2、药物治疗：建议遵医嘱进行药物治疗，如使用枸橼酸氢钾钠颗粒、碳酸氢钠片等药物，可以碱化尿液，促进结石排出。如果出现了肾绞痛，一般要遵医嘱应用双氯芬酸钠缓释胶囊等非甾体类镇痛抗炎药物。
3、手术治疗：在保守治疗无效的情况下，可积极就医，采用体外冲击波碎石、经皮肾镜碎石术、输尿管镜碎石等方法进行治疗。
治疗的方法比较多，如果结石比较小，可以选择口服药品的方法进行治疗，应该及时到医院，通过B超检查的方法来判断病情，也可以选择使用多喝水的方法来促进结石的排出。