膀胱灌注后，最大的副作用就是会出现血尿、尿频、尿急、尿痛。常见的就是化学性的膀胱炎和泌尿道感染。化学性膀胱炎，因为灌注液的浓度太高，或者灌注液在膀胱内停留时间太长，导致化学药物腐蚀膀胱黏膜，导致出血、血尿、尿频、尿急、尿痛等。逆行感染因为在膀胱灌注过程中，没有有效的遵守无菌的观念，导致尿道炎逆行进入膀胱，导致膀胱炎。
膀胱灌注化疗是通过尿道把化疗药物灌注到膀胱里面，防止肿瘤复发。它的副作用首先是尿道损伤因为要上尿管，将化疗药物灌进去，其次是膀胱壁的刺激，再次是有感染的可能。
膀胱灌注都会对膀胱黏膜有一定的刺激，之后会出现化学性膀胱炎的表现，病人出现尿频、尿急、尿痛，有时可能会出现血尿的症状。当病人合并尿路感染时，会加重刺激症状，所以在灌注后，多饮水，尽量减少灌注药物造成的生活影响。
膀胱低级别尿道上皮癌吉西他滨膀胱灌注会引起消化系统的反应，比如便秘、腹泻、口腔炎，还会引起发烧、头痛、乏力、厌食，少数患者会有肝功、肾功的改变，复查尿常规可以显示血尿、蛋白尿，心律失常也有报道。过敏的患者可以出现皮疹、肺水肿、呼吸困难以及轻度的脱发等副作用。
膀胱灌注化疗指通过导管将化疗药物灌注到膀胱，在体内保存一段时间后自然排尽尿液的化疗方法，属于腔内化疗，也是一种局部的治疗。针对膀胱肿瘤时间多发性和病灶多发性的特点。
膀胱灌注药物的功效与作用是可以治愈膀胱癌。可以在膀胱内壁达到一个稳定的浓度，可以有效的杀死癌细胞。达到治疗膀胱癌的一个功效。局部用药副作用相对比较小。