引起孕酮低的原因有很多。孕酮低也和本身体质有关，卵巢黄体发育不全，也会引起孕酮低。建议平时可以多喝些豆浆，可以去医院补充一点孕酮激素。必要时是需要补充孕酮进行治疗一段时间是比较好的。
在怀孕初期孕酮指标偏低，这主要是由于胎儿不稳定引起，体内的孕激素水平偏低，所以很容易出现先兆流产，或者是停胎情况的发生。就要及时补充孕酮，避免发生先兆流产的问题，孕酮低，的原因目前也不是十分清楚，但是一般通过补充治疗之后，多数都是有效的。
最常见的原因是妊娠黄体功能不全，是因为妊娠以后黄体产生的孕酮太少，这时候如果不能及时补充孕酮，就容易影响到胎儿的生长发育，甚至可以导致胎儿生长发育停止，出现流产和死胎。
孕酮低是因为黄体功能不全，卵巢黄体发育不全。肾上腺、甲状腺功能严重失调也可影响卵巢功能，使排卵发生障碍，孕酮含量也会相应降低。身体出现胰岛素抵抗也会导致。孕酮低多吃蔬菜水果以及大豆异黄酮，适量补充孕激素。
孕酮过低一般是因胎儿发育不正常所致。
孕酮是从卵巢黄体中分泌出来的天然孕激素，孕酮能保持正常范围内的正常妊娠。先兆流产或宫外孕，均容易影响卵巢黄体对孕酮的分泌。所以在怀孕之后如果发现孕酮偏低的话，就需要先排除宫外孕，有先兆流产问题的话，同时会有胎心。也可以补充黄体酮来提高身体的孕酮水平。如果孕酮能恢复到正常水平，胎儿仍可保留。
怀孕孕酮低会导致先兆流产、胎停等情况的发生。
一般情况下，如果女性在怀孕后出现了孕酮低的情况，那么就可能是体内黄体功能不全，激素水平紊乱等原因导致的，这时孕妇就会出现先兆流产、胎停等情况，当然，孕酮能够起到维持妊娠的作用，但是还需结合HCG等检查来判断胚胎的情况，所以在出现孕酮低时需根据具体的情况来进行保胎治疗。