女性非淋菌尿道炎可以通过药物进行治疗。
非淋菌性尿道炎主要是遵医嘱通过药物进行治疗，并注意局部的卫生。一般可以口服强力霉素、四环素等药物，具有消炎、治疗的作用。在用药的过程中要注意自身的局部卫生，因为非淋菌性尿道炎存在传染性，所以在治疗过程中要尽量避免同房，以免发生交叉感染。
非淋菌性尿道炎主要就是输液治疗，具体使用药物是需要根据患者的情况来确定，盲目用药物只会起到暂时缓解，后期病情还会反复出现，长期非淋菌性尿道炎没有及时的治疗是会诱发男性出现睾丸炎或者是前列腺炎。
男性非淋球菌尿道炎治疗是尿痛及尿道少许粘液性或粘液脓性分泌物，需要挤压前尿道才能发现少许分泌物。非淋球菌尿道炎其潜伏期1-3周，非淋菌性尿道炎在临床上出现尿道炎的表现，但较淋病为轻。
非淋菌性尿道炎是淋球菌以外的微生物感染引起的尿道炎症。非淋菌性尿道炎一般无临床症状或临床症状较轻，可有尿道刺痛、排尿困难、尿道口少量粘性分泌物等。治疗可针对感染的病原微生物用药。必要时可以选择细菌培养加药敏，选择敏感抗生素进行治疗。治疗效果会更加好一些，正常可以选择一到两种抗生素，治疗1到2周时间去医院复查。
非淋球菌性尿道炎是由衣原体、支原体等淋球菌以外的其它病原体所引起的尿道急慢性炎症，因此在治疗上主要是使用抗菌药物。
由于这种尿道炎可以通过性接触传播，因此在治疗期间要采取防护措施，避免交叉感染。
临床上治疗非淋菌性尿道炎的药物有三大类，其中以大环内酯类使用最为广泛，常用的有阿奇霉素片、红霉素肠溶片等。此外，盐酸环丙沙星片、氧氟沙星胶囊等喹诺酮类药物，也可以用于非淋菌性尿道炎的治疗。
非淋球菌性尿道炎是很常见的一种性传播疾病之一，治病菌多是支原体衣原体等，对于非淋球菌性尿道炎，选用消炎药治疗，如果药物治疗一个疗程，以后没有明显的好转，药物治疗期间禁止性生活，避免交叉感染。