对于比较严重的肾囊肿患者，那这是可以采取手术治疗，不过需要注意的是手术治疗，这只是适用于单侧肾囊肿患者，一般情况下单肾囊肿，可以在引导下做穿刺抽吸并向囊中，内注射药物即可治疗。只有在必要时才做手术切除的，毕竟囊肿损害肾脏的情形罕见。一般情况下饮食作为一种辅助治疗的手段，效果是比较好的，但是针对不同的患者，饮食一定是要合理的选择，宜食含优质蛋白质高的食物，注意高纤维、高维素食物的补充及低脂肪，适当的糖饮食。避免辛辣、过咸、油腻、煎炸及不卫生饮食等，遵医诊治并做好复诊。
可以进行b超或者ct引导下穿刺引流，将脓液引流的同时再使用抗生素类的药物，可以达到良好的治疗效果。全身治疗，患者要卧床休息，输液，多饮水，维持每日尿量达1.5L以上，有利于炎症产物排出。
超声穿刺治疗，利用超声引导，准确定位，抽洗完脓液，再注入药物，可以避免手术创伤给患者带来的痛苦，缩短病程。对症治疗，发烧给予退烧药，有膀胱刺激症状的，可采用碱性类药物，降低酸性尿液对膀胱的刺激，解除膀胱痉挛。
肾脓肿需要去泌尿外科进行药物的对症处理，如果使用了敏感的、高效的药物，可以在一个星期内缓慢的消失，从而得到完全的治愈。
积极治疗一星期以后，抗生素的应用依然没有任何作用，脓肿没有消失，也没有继续扩张，蔓延，会引起发烧，寒战等症状，这是因为保守疗法不管用，需要更换抗生素，还要做B超和CT引导下的抽吸引流，这样才能将脓液从脓腔内排出，并且在初期应用一些抗生素。
肾脓肿治疗7至10天，患者需要积极进行对症治疗。
脓肿的大小和处理方法是密切相关的，脓肿早期可以在7-10天内得到控制。肾脓肿是由多个小脓肿组成的，随着时间的推移，会逐渐增大和合并，最终会变成一个巨大的肾盂，表现为腰部酸痛、怕冷、发烧。临床上会有高烧的表现，主要表现为：金黄色葡萄球菌。建议选择使用三代头孢菌素，如使用抗生素后仍无改善，建议在B超和CT指导下进行脓肿穿刺引流。
中医治疗，注重扶正固本，理气活血，标本兼顾，效果稳定，副作用少；对症治疗，应用碱性类的药物，可降低酸性尿液对膀胱的刺激，抑制平滑肌细胞类的药物，可解除膀胱痉挛和缓解刺激症状。