中药治疗，中药毒副作用小，能减少对肾脏的损伤，能取得好的治疗效果；切除治疗术，早期肾穿刺造瘘鵻，充分引流，若肾功能恢复鵻，则矫治梗若，功能鵻不能恢复，且对侧肾功能良好者，应行患侧肾切除术。
肾脓肿采用下面的方式治疗比较好：首先进行抗生素静脉输注，有望将肾脓肿进行局部吸收，如果在使用抗生素的情况下，脓肿仍然扩大，并没有被吸收，可以B超或者ct引导下脓肿穿刺引流以及手术切开引流。抗生素治疗：对于肺脓肿要做到早期,有效和彻底地给予抗生素的治疗.首选青霉素,每日200万-1000万单位,静脉注射.对青霉素过敏者,选用林可霉素或者是克林霉素,每日600毫克,每日3次,静脉注射.待x线检查肺部病变完全消失后,方可停用抗生素。
肾脓肿的治疗方法是：进行抗生素静脉输注，有望将肾脓肿进行局部吸收，如果在使用抗生素的情况下，脓肿仍然扩大，并没有被吸收，可以B超或者ct的引导下脓肿穿刺引流以及手术切开引流。不需要特别处理，动态复查。由于这种疾病是一种良性病变，所以在它很小的时候不需要特别处理，一般来说，在4厘米以下可以动态的复查，每三个月到半年复查一次双肾的彩超或CT就可以了，复查过程中如果没有明显的增大，仍然不需要特别处理。
中药渗透的中医疗法，该疗法的中药活性物质促使囊壁上的血液循环与通透性发生质的改变，使得囊直至不再分泌；手术治疗，可以减轻囊肿对肾脏的压迫，恢复肾功能，避免进一步的损伤。
腹腔镜进行手术，仅需在腰部打三个小孔，建立腔镜通道，用腔镜进行手术，具有创伤小、术后恢复快等优点；穿刺疗法，可实行穿针刺疗法，从皮肤刺入囊肿，吸出囊液，暂时性减轻疼痛。
手术治疗，一般可采用囊肿去顶减压术，此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，部分肾功能单位得到恢复，延缓了疾病的发展；保守治疗，选择敏感有效的抗生素，有助于将脓肿控制，消灭在早期阶段。