通常情况下，衣原体和支原体的病原体可以被杀死。具体方法如下：
1、支原体、衣原体病原对温度较敏感，可以通过消毒、加热等方法将其杀死。
2、患者一定要遵医嘱服用足够数量的用药，以及足够的疗程。因为药物对杀死衣原体和支原体的病原体也有一定的作用。
大环内酯类药物、氟喹诺酮类药物等可用于杀死衣原体和支原体。
1.大环内酯类药物：支原体感染会导致肺炎、支气管炎、泌尿生殖系统感染等，可以口服阿奇霉素、红霉素、罗红霉素等，阿奇霉素的治疗效果最好。阿奇霉素具有抗菌、消炎、上呼吸道感染的作用，是治疗支原体感染的首选药物。
2.氟喹诺酮类药物：可以口服氧氟沙星、左氧氟沙星等，也有一些人会出现头痛、失眠、局部红疹等不良反应。
患者需要遵医嘱用药，不可擅自用药。
儿童支原体衣原体感染，一般不能自愈，需要及时治疗。
儿童的免疫力比较低下，可能会出现支原体衣原体感染的情况，可能会有肺、支气管炎等呼吸系统疾病，影响身体健康。此类疾病是无法自愈的，因此儿童需要去医院诊治，服用抗击衣原体、支原体的药物来治疗，从而恢复健康。
支原体、衣原体感染后，有可能会自愈。
衣原体感染一般会导致宫颈炎、盆腔炎等疾病的发生，严重的还会影响生育。支原体是条件致病菌。如果是生殖支原体感染，治疗是很常见的。如果是解脲支原体感染，并伴有支原体感染症状，需要及时治疗。
解脲支原体感染无症状时是否需要治疗目前尚存在争议。人型支原体和牛型支原体感染，一般不需要治疗，也不需要治疗。
感染支原体、衣原体不能自愈。
支原体、衣原体因部分患者自身抵抗力降低而被感染，在医师的建议下进行治疗，可以口服阿奇霉素等药物，按照疗程进行治疗，是不能自愈的。平时要多休息，避免过度疲劳，多吃一些新鲜的水果和蔬菜，保持饮食清淡，在治疗过程中尽量避免同房，保持心情愉悦。
通常情况下，需要给予罗红霉素、阿奇霉素、四环素等大环内酯类的药物，在1-2个星期后即可完全清除。
如果是轻微的炎症，可以服用罗红霉素，服用3-5天。如果是中、重型的，通常要7~10天，严重的患者通常要在医师的指导下进行药物注射，不能依赖药物。