一般情况下，月经的颜色是咖啡色首先可能是因为女性的内分泌功能紊乱，没有排卵，在单纯的雌激素的作用下，子宫内膜会变得很薄，脱落很少，从而出现少量的咖啡色月经。但是如果是同房的女性没有做好避孕措施，那么也可能是因为妊娠引起的不正常的阴道出血。
建议女性月经的颜色是咖啡色及时前往医院，以便于在专业医生的指导下进行合理治疗。
月经老是不干净而且有咖啡色分泌物，对于有性生活的女性要排出怀孕才行，其次要检查彩超看一看有没有子宫内膜息肉以及子宫内膜病变等导致的月经老是不干净，通常出现月经老是不干净有咖啡色，要考虑是不是无排卵型功血或者是子宫内膜增生症而导致引起的月经不干净。
一般情况下，如果来月经的第一天或月经即将结束时经血呈咖啡色，并且没有其他不适症状，一般是正常的生理鲜血，因为这种情况下，经血量较少，容易呈咖啡色。如果整个月经期间经血都呈咖啡色，则一般不正常，可能是腹部受凉、妇科疾病等原因导致的，女性需要做好腹部保暖，可以通过热水袋、热毛巾等物品来热敷腹部，同时，女性可以到医院进行相关检查，以明确病因，并进行针对性治疗。
人工流产手术之后月经出血明显变少，并且呈咖啡色，可能是人工流产手术，对于子宫内膜厚度的影响，要到医院做B超的检查，查子宫内膜的厚度是否正常，流产手术之后很容易出现子宫内膜变薄，这样就有可能会出现月经出血量的变化。
月经期间月经颜色为咖啡色，可能是妇科疾病、宫寒等因素引起的。
正常月经血呈暗红色，还有宫颈粘液以及脱落的阴道上皮细胞。月经期间月经颜色为咖啡色，可能是一些妇科疾病，如宫颈炎、盆腔炎等，容易引起月经颜色的改变，可以选择补气血、活血化瘀的药物来治疗，如益母草颗粒帮助排出体内瘀血。月经期间月经颜色也可能是宫寒，导致气滞血瘀引起的。吃了积极的治疗妇科疾病，平时少食辛辣刺激性食物，月经期间注意腹部的保暖。
对于月经第一天颜色呈深咖啡色是不正常的，正常的经血颜色为暗红色，刚开始量少，呈淡红色，然后逐渐加深。第一天颜色呈深咖啡色，考虑是有少量的出血，同时和腹部受凉、寒凝血瘀或肝气郁滞、气血不通有一定关系，可以适当地喝点红糖水，注意腹部的保暖。同时需要注意观察，有血块腹痛等，可适当地口服药物颗粒。