一般情况下，怀孕初期阴道有褐色分泌物可能是先兆流产、异位妊娠等因素造成的，具体内容如下：
1.先兆流产：情绪激动、体质较差等因素可能导致女性出现先兆流产，多有腹痛、阴道流血等不适症状，可能出现怀孕初期阴道有褐色分泌物的情况。女性应及时就诊，必要时要遵医嘱使用黄体酮胶囊、地屈孕酮片等药物进行保胎治疗。
2.异位妊娠：输卵管炎症、受精卵游走等因素可能导致女性出现异位妊娠，也可能使女性腹痛、阴道出血，可能导致女性发现怀孕初期阴道有褐色分泌物。女性应及时就医，必要时需要行输卵管开窗术、输卵管切除术等进行治疗。
怀孕初期褐色分泌物可能是集体性基础激素代谢水平的影响。
孕妇在孕期的初期会有褐色分泌物，这可能是集体性基础激素代谢水平的影响。子宫体会随着胚胎的发育而增大，从而引起子宫肌纤维肥大，同时还会增生间质血管淋巴管和雌激素，随着孕期的增加，子宫有可能会发生不规律假性收缩，或者可能刺激子宫峡部，从而导致子宫颈管腺体增生，出现分泌旺盛，黏液变稠的情况。在怀孕初期要多注意多休息，不要过度疲劳，不要有性生活。
怀孕初期分泌物褐色可能是先兆流产或者是盛胎。
先兆流产通常在妊娠早期有少量阴道出血，颜色为深红色，无组织状物排出。随后，可能出现小腹痛或腰痛。这一考虑是，应及时治疗先兆流产。这是一种病理状态，必须及时就医，如注射孕酮。另一种是怀孕后，月经仍然像月经一样，量少，时间相对较短。没有其他症状。胎儿长大后，大约三个月后就会好起来，然后逐渐消失。
一般情况下，怀孕初期分泌褐色分泌物是怎么回事可分多种情况考虑，具体内容如下：
怀早期会有褐的分泌物，与身体的激素水平不一样有一定的相关性。如果有褐色的分泌物，首先要看是不是有预兆流产，或者是体内黄酮值偏低。其次，如果发生了子宫外孕、生化妊娠，也会有褐的分泌物。需要做血液hcg检测，以了解患者的病情，并与患者的临床表现及B超的表现相配合。
在怀孕早期三个月内孕囊发育不太稳定，容易受到有害因素的影响，导致先兆流产，发育异常。出现有褐色的分泌物，就说明有先兆流产的可能性。需要去做B超和六项激素检查。
怀孕初期有浅褐色分泌物可能是绒毛促性腺激素，具体分析如下：
怀孕后，孕妇的身体会发生一系列的生理性变化，其中阴道黏膜上皮细胞的通透性增高，脱落的上皮细胞也增加，于是阴道分泌物增多，一般呈现白色或淡黄色。而褐色分泌物，可能是由于女性体内分泌了绒毛促性腺激素。
建议患者前往医院抽血化验HCG及孕酮并做B超检查，根据检测结果判断。