孕早期肚子隐隐作痛、有褐色分泌物可能是多种原因导致的，具体分析如下：
出现这种情况要及时到医院进行产前超声检查。这是先兆流产的典型表现，可能是子宫内出血，需要做超声检查，看看有没有液性暗区，看看有没有出血。在这个时候一定要注意卧床休息，不要到处乱跑，还要做孕酮检查，口服黄体酮。需要密切监测阴道出血和腹痛的缓解，如果出血持续增加，可能会导致流产。
孕早期左腹部隐痛考虑可为盆腔炎、先兆流产或输尿管结石、异位妊娠等因素导致的。
如果痛得特别久的话，必须到医院做进一步检查。进行妇科经阴道彩超检查胚胎发育情况、判断有无宫外孕、进行妇科盆腔检查对患者的体质进行评估有无盆腔炎及其他疾病的发生。若各项检查均没问题的话，那么可能是因为受凉所致，提示病人要注意保暖。
孕早期小肚子隐隐作痛的原因如下：
孕早期肚子隐隐作痛是常见的现象，肚子痛的原因很多，有些是怀孕的正常现象，有些则代表严重的疾病。，在孕早期肚子痛的位置并不固定，有时在左下腹，有时则在右下腹，疼痛时间持续很短。在经过医师检查，确定没有其它异常，但是，孕妇如果出现腰酸，下腹部坠胀感，经过休息后仍不能缓解，甚至加重时，可就要提高警惕了。
疼痛程度可以分为两种，一种是轻微的疼痛，或者是轻微的疼痛。如果疼痛比较严重，可以去医院检查一下，看看是否是宫内孕。
怀孕初期会有腹痛的症状，如果疼痛轻微，一般正常。如果疼痛严重，并且是宫内孕，可能会有先兆流产，也就是不可避免的流产。先兆流产要做好保胎、休息等方面的准备。如果是无法避免的流产，导致大量的出血，应该尽早进行清宫。否则会导致大出血、休克，导致下一次怀孕。怀孕初期出现下腹部疼痛的症状，要根据宫内的情况和外宫的情况来判断。
如果是宫外孕，那就非常的危险了。因此，孕妇在怀孕初期出现肚子疼、腹痛一定要及时就医。宫外是很危险的，在宫内要明确是否可以保胎，是否可以避免的不可避免的流产。
孕初期肚子隐隐作痛有褐色分泌物，一般都是因为先兆流产，所以要进行B超，同时还要进行血HCG和黄体酮的检测，最后确定要不要进行安胎。必要时需要在医生指导下使用黄体酮胶囊、保胎无忧片等药物进行治疗。
此外，如果胎儿的基因丢失可能会出现胎儿停止生长的现象，需要进行清宫手术，以免出现凝血功能障碍。
在孕初期，孕妇应该注意休息，不要提拿重物。
一般来说，孕早期肚子隐隐作痛出血可能有如下原因：
先兆流产可能会导致孕早期孕妇肚子隐隐作痛出血。建议产妇尽早前往医，通过超声明确一下具体的情况。出现此类症状的孕妇，需要绝对卧床休息，早睡早起，不能熬夜。如果出现孕酮水平过低的情况，需要严格遵医嘱，通过注射黄体酮额方式进行保胎治疗，避免流产。
日常生活中还要注意个人的饮食，多吃新鲜的蔬菜和水果，保证营养均衡，多注意休息，避免劳累，保持心态平和。