肺脓肿可用金银花、牛蒡、桔梗、淡竹叶、薄荷等中药治疗。除这些药材外，还可用芦根、薏苡仁、桃、连翘等。这些食物对治疗肺脓肿也很有效。肺脓肿也与咳嗽有关。可以吃一些止咳化痰的食物，如枇杷、梨等。八味痰香丸是一种口服中成药。成分包括檀香、天竺黄、红花、丁香等。规范用药可清肺热，化脓止血。疾病，促进肺部健康的恢复。
治疗肺脓肿的药物主要有青霉素类药物和大环内酯类药物。肺脓肿确诊后要及时进行治疗，首先要用抗生素进行积极的治疗，抗生素要覆盖厌氧菌，比如青霉素、甲硝唑、奥硝唑、克林霉素、林可霉素等，另外还要加强痰培养的检查，可以根据药敏试验更换抗生素。其次要重视痰液的引流，主要有体位引流和化痰的药物，氨溴索、桉柠檬碱、乙酰半胱氨酸等。如果出现高热症状，可以口服一些解热止痛的药物，比如美林、洛索洛芬钠、阿司匹林等。如果病人有休克症状，应进行静脉输液，并应用血管活性药物。
对于肺脓肿的病人，在病情稳定的情况下，可以口服抗生素。口服抗厌氧菌的药物有：甲硝唑、替硝唑、奥硝唑等；还可以选用红霉素等肺部军团菌感染的脓肿，也可以选用阿奇霉素。
阿奇霉素口服的时候，一般都是服用三天，然后停用四天，因为阿奇霉素的药效会持续很久。肺脓肿患者有痰多，可以口服复方甘草合剂、氨溴索口服液等化痰药物。
血源性肺脓肿可以采用头孢二代、头孢三代等抗感染药，并保留痰液样本。可以根据患者的痰样本进行药敏检测，选择使用抗生素，但也有少数的金黄色葡萄球菌对青霉素具有抗药性，可以使用万古霉素、利奈唑胺、利福平等，经验性使用二代、三代的头孢，并使用抗厌氧菌，如甲硝唑、克林霉素、林可霉素等。另外还需要做好痰的引流工作，痰液的排出对病情的恢复有很大的帮助。
肺脓肿是可以选择中药进行治疗的，通常对于急性期的患者是不建议采用中药进行治疗。如果患者出现高热、咳嗽、咳浓痰、肺囊肿的情况时，需要进行抗生素治疗，同时中药是没有特效药的，只能起到辅助治疗。肺囊肿的患者要注意避免出现感冒，可能会再次加重病情，要根据天气的变化及时的增减衣物。要保证清淡营养的饮食，治疗期间避免食用辛辣刺激的食物以及不能吸烟饮酒。