脑干是受人体其他脑组织保护的，所以很少会出现原发性损伤。脑干受损的病人，多数是由于外伤撞击所导致的，死亡率极高，一旦出现脑干受损病人，应立刻接受治疗。所有脑干损伤的病人都应立即做全身性检查，并且要时刻关注病人的各种体征变化，还要预防和有效的处理合并症出现。对于脑干损伤的病人，最佳治疗时间就是越早越好。
一般情况下，溺水者有心跳但呼吸微弱可采取以下办法处理，具体内容如下：
溺水者出现心脏跳动，但其气息较弱时，可采用下列方法进行治疗。首先要清理口腔和鼻子中的杂质，并打开气管。清理口鼻中的杂质，可以用纱布条清理。另外，还要将假牙、异齿等取出。同时尽量使病人的头向后倾斜，避免发生舌头后坠造成的窒息。如果是这样的病人，建议尽快将其送入医院进行呼吸机的呼吸和输氧治疗。如果病人有肺水肿等症状，可以口服地塞米松、甘露醇等。
脑干的功能主要是调节呼吸和心率等重要的神经中枢，如果受损，必须靠呼吸机维持，相当于植物人，植物人是一种只能依靠医疗设备，维持生命的昏迷患者，如果脑干受损所导致的昏迷，醒来的几率几乎很小。
脑干损伤会导致交叉性瘫痪，这是因为人体的大脑对身体的控制是相对的，也就是对面的身体要将信号传递到对面的大脑，或者对面的大脑将信息传递到对面的身体。这个讯号的传递，必须要在脑干内完成，才能进行不同的讯息传输。这种生理结构决定了当颅内损伤到脑干时，会导致信号传导障碍，从而导致交叉瘫痪，也就是病灶对侧的外周性脑神经麻痹和对侧的中枢性偏瘫。
到了癌症治疗方式方法要跟初期有所不同，中晚期癌扩散范围有多大，必要时要采取紧急措施，来保证癌细胞不再继续扩散，如没立即采取方式抑制，严重时会危及生命，所以要急需治疗。
原发性脑于损伤在颅脑损伤中占有较大的比重，通常指暴力作用于枕部引起脑干为主的损伤，并于伤后立即发生持续时间较长的意识丧失或死亡。暴力作用于头部造成的原发性脑干损伤约占颅脑损伤的2%~5%，在重型颅脑损伤中占10%--20%。脑干内除了颅神经核。