脑干是受人体其他脑组织保护的，所以很少会出现原发性损伤。脑干受损的病人，多数是由于外伤撞击所导致的，死亡率极高，一旦出现脑干受损病人，应立刻接受治疗。所有脑干损伤的病人都应立即做全身性检查，并且要时刻关注病人的各种体征变化，还要预防和有效的处理合并症出现。对于脑干损伤的病人，最佳治疗时间就是越早越好。
脑干出血是临床上比较严重的一种急危重症，如果出血量稍有增加，病人常在出血后短时间内出现深昏迷，甚至危及呼吸和心跳，需要尽快采取呼吸机辅助呼吸，甚至病人治疗时机，是在出血发生后立刻在有资质的医院进行积极抢救。对于一部分出血量中等，出血接近脑干表面的病人，有时可以尝试进行手术清除血肿，对功能恢复或有一定的帮助。
脑干出血最佳治疗时间在三月。脑干出血是由于脑干小血管破裂，或脑出血灶延伸至脑干引起。常见病因有高血压合并小动脉硬化、动脉瘤破裂，以及动静脉畸形、淀粉样脑血管病、血管炎、瘤卒中等。导致严重的神经系统损害。
脑干受损会出现语言表达不清，吞咽困难或昏迷的现象。
轻度的脑干受损。脑干是人体生命活动，是生命呼吸循环的中枢，所以一单脑干受损就会影响这部分相关的一些生理基本功能，这时针对于轻度的脑干受损，可能就会出现语言表达不清，吞咽困难，或者身体的四肢活动障碍，就是平常所理解的瘫痪，这些都是轻度脑干受损后所导致的，脑干是生命中枢支配者，负责各种的呼吸，心跳等人体的基本功能，一旦出现了脑干受损，而比较严重者有可能出现昏迷的现象，甚至还会引起呼吸，心跳突然停止，甚至最后危及到生命安全，出现脏器功能衰竭有生命危险等。
建议去医院神经科治疗，应该注意调整自己的饮食，保证营养摄入的均衡，避免高油、高糖等食物，避开辛辣刺激食物。
脑干是大脑最重要的生命中枢，一旦脑干部位出现了病变的情况下，一般治疗效果都不会很理想，脑干梗死的情况下主要是应用活血化瘀的药物，抗凝的药物，抗血小板聚集的药物来对症治疗。
脑干的功能主要是调节呼吸和心率等重要的神经中枢，如果受损，必须靠呼吸机维持，相当于植物人，植物人是一种只能依靠医疗设备，维持生命的昏迷患者，如果脑干受损所导致的昏迷，醒来的几率几乎很小。