胎儿患有脑积水，一是因为基因、身体发育不正常，二是因为母亲在孕期喝酒、抽烟、接触辐射或化学物品等。
如果是轻微的脑积水，脑室只是稍微变宽，那么就不用太过担心，后期会慢慢的吸收和恢复。就算不能吸收，轻微的脑积水也不会对大脑的功能造成明显的影响，如果检查结果显示脑室明显增宽，并伴随着基因的异常以及其他的畸形，可以考虑终止妊娠。
先天性脑积水是脑脊液分泌过多、循环受阻或吸收障碍，导致脑室系统及蛛网膜下腔脑脊液过多聚集并不断增长，继发脑室扩张、颅内压增高和脑实质萎缩。交通性脑积水是指脑脊液可自脑室系统流至蛛网膜下腔，但脑脊液分泌过多或吸收障碍。阻塞性脑积水是指脑室系统某一部位阻塞，使脑脊液循环受阻和脑室扩张。
多数情况下见于一些颅脑损伤导致出现的脑积水，比如动脉瘤破裂或者是后天的因素导致的蛛网膜下腔出血，动静脉畸形都有可能会导致脑积水，主要是由于在脑部出血了以后，血液沉积在脑组织表面，导致蛛网膜颗粒黏连，从而造成脑脊液吸收障碍，脑脊液吸收较差，而脑脊液产生正常，造成脑脊液越来越多，从而形成脑积水的情况。
胎儿脑积水主要病因是宫内感染、宫内脑出血、脑部发育异常、畸形、肿瘤等，感染、脑出血会使脑脊液混杂白血病、红细胞、脓液等杂质，引起脑室系统黏连、脑脊液吸收的途径不畅，导致脑脊液吸收障碍，分泌吸收不平衡，形成脑室扩大。脑部发育异常、肿瘤等压迫影响了脑室系统脑脊液循环，从而引起颅内压增高，脑室系统扩大形成脑积水。
胎儿脑积水的原因主要是先天性因素导致的，有一些是先天性的基因突变导致胎儿产生脑积水。有些是因为化学、物理因素，特别是在怀孕期间，受到辐射，受到化学药物的刺激，引起的基因突变，导致脑发育不全，形成脑积水。
孩子脑积水病因导致小孩脑积水有很多因素，主要表现在脑脊液分泌，小儿脑积液分泌量过多，可导致脑袋积水，小孩再发育时，侧脑室脑脉络丛严重增生，造成脑脊液分泌过多。另外一个因素就是由于血液中含有一些有害物质如蛋白质、胆固醇等成分而产生的沉淀，这些物质进入到大脑内影响了孩子正常的血液循环，从而使得脑部供血不足出现症状。脑脊液分泌量过多，脑积液的吸收功能亦存在障碍，可使脑积水加重，儿童脑脊液循环通道障碍，亦为脑积液之诱因，先天发育阻碍脑脊液循环障碍，例如，孕妇孕期发烧或吃避孕药，均可导致小儿发育不良。