乙肝的治疗不是任何时候都可以抗病毒治疗的，病毒在肝细胞中，盲目的治疗会损害肝细胞，当乙肝病毒达到一定值，被免疫系统识别的时候，此时开始抗病毒治疗效果比较好，乙肝大三阳治疗时机是肝功能开始出现异常，转氨酶升高至正常的两倍，病毒上升到10的5次方，此时是治疗乙肝大三阳的好时机。
乙肝大三阳目前没有特效的药物和治疗方法，最有效的抗病毒治疗转阴率50%左右。如果肝功能异常（转氨酶升高两倍以上）则是抗病毒治疗的时机。除了用药外，在饮食上以清淡、易消化的食物为主，多吃水果蔬菜，保证食物的新鲜、营养。如果肝功能正常，可以暂时不用药，平时注意劳逸结合，饮食清淡均衡，不喝酒，定期复查动态了解肝脏变化情况。
乙肝小三阳的病毒严重的时候是要比较乙肝大三阳严重的，而且近年来临床研究表明，乙肝当中小三阳反而是转为肝硬化和肝癌几率最大的。很多人认为小三阳不严重，从而对病情比较忽视，所以恶化的几率比较大。不过规范治疗很容易好。
大三阳要严重一些。大三阳是指两项半检测中有一项或三项呈阳性，且多数患者有肝细胞损伤，常伴有转氨酶升高，乙肝病毒复制活跃或相对活跃，往往具有一定或较强的传染性，并有较大的几率引发肝硬化和肝癌，小三阳患者的严重程度主要取决于是否有乙肝病毒复制和复制的活跃程度，一些小三阳病人没有或只有轻微的肝组织损伤，但病毒复制并没有停止，这些病人发生肝癌和肝硬化的几率很大。如果体内有病毒复制，就需要用抗病毒药物治疗，如果没有病毒复制，原则上不需要特殊的干预和治疗，定期复查就可以。
大三阳相对小三阳要严重得多。乙肝大三阳病人体内的乙肝病毒含量较高，对肝脏损伤也比较严重，而小三阳病人的乙肝病毒含量较低，对肝脏损伤也比较轻。大三阳病人的体内，乙肝病毒复制处于活跃状态，乙肝小三阳病人乙肝病毒复制处于静止状态，大三阳的肝功多有变化，而小三阳的肝功基本正常。从自觉症状看，大三阳病人肝病症状明显，需要进行积极的治疗，而小三阳病人基本没有症状，一般不需要治疗。建议应做到调养、劳逸和随访的三结合，提高个人免疫功能和抗病毒能力，不喝酒不吸烟，不吃刺激性重的食物。