衣原体肺炎发病比较急骤，初期以发热，头痛为主，呼吸道典型症状可有咳嗽，湿啰音等，并有活动后呼吸困难，咽喉部肿胀疼痛，同时伴有捻发音，恶心和呕吐。
还有部分患者以咽炎症状出现，1~3周左右即可发展成肺炎或支气管炎等症，咳嗽加剧，并伴有可能引起肺外感染，如中耳炎、关节炎，还可合并甲状腺炎及其他疾病。
肺炎衣原体感染通常有发热、咳嗽、头痛等症状。
衣原体是临床上比较常见的致病微生物，可能累及呼吸道，进而诱发肺炎，出现发热、寒战、肌痛、咳嗽、头痛、胸痛等症状，肺部通常可闻及湿性罗音。
感染后可遵医嘱使用头孢菌素、四环素等药物，以促使局部炎症消退。
女性衣原体感染症状通常有尿频、尿急等。
在出现衣原体感染的情况时，主要是由泌尿生殖系统引起的，女性常见的是宫颈炎、盆腔炎等妇科炎症，会出现尿频、尿痛等表现，还可能有白带增多、阴道黏膜异常、宫颈水肿等症状。如果累及呼吸道，可能出现咳嗽、咳痰等表现。
感染后，女性要积极治疗，注意休息，不要熬夜。
衣原体感染症状会因累及部位不同，出现发热、尿痛等症状。
衣原体是一种革兰阴性病原体，为具有独特发育周期的原核细胞性微生物。若是累及呼吸道，可出现发烧、乏力、鼻塞、流鼻涕、咳嗽、呼吸困难、喘息、胸痛等症状。若是引起泌尿系统感染，可表现为尿频尿急、排尿不畅、尿痛、分泌物等。
大部分男性感染衣原体后无症状产生，也可能会出现以下不适症状：
1、反复尿痛，尿道不适，瘙痒，刺痛感或灼烧感。
2、沙眼衣原体能引起非淋球菌性尿道炎并有排尿不畅的排尿不尽感，偶见黏液丝随尿液排出，少数病人有稀薄脓性分泌物，尿道发红。
3、附睾感染会表现为附睾增大，硬化甚至刺痛，严重时可见阴囊发红。
男性衣原体感染在临床上较为多见，其表现具体分析如下：
1、尿路刺激的症状：比如尿频，尿急，尿痛，尿道瘙痒等。
2、尿道外口分泌物：衣原体感染时，尿道口可有白色分泌物，晨尿时较为明显。这些分泌物呈尿道口不自主外溢，若伴有其他细菌感染时，可呈乳白色或浅黄色，质地黏稠。
3、其他症状：有的病人分泌物并不明显，但可能会出现尿道外口瘙痒或发炎，或者内裤上有污斑和污渍。