治疗的方法有局部灌肠疗法：使较高浓度的药物直接作用于病变部位，以增强杀菌作用，并且刺激肉芽组织新生，一般作保留灌肠。还有抗感染的治疗方法，选择敏感抗菌药物，静脉给药，待病情好转后改口服。
治疗的方法有病原治疗法通常需联用两种不同类型的抗菌药物，足剂量、长疗程。对于肠道黏膜病变经久不愈者，可采用保留灌肠疗法，还有对症治疗的方法，保持水、电解质和酸碱平衡，有失水者，无论有无脱水表现，均应口服补液。
抗生素治疗，早期用适当的可吸收的抗菌药物治疗，可明显减轻症状和减少菌的排出。应采取中医治疗，按中医分型辨证施治用汤药治疗，同时可加用针刺治疗以调整肠道功能紊乱。
治疗细菌性痢疾较好的方法有：抗菌治疗，对于大便培养志贺菌阳性者，需要抗菌治疗。一般治疗，卧床休息，饮食以流质清淡为主，需要控制饮食，减少食量，吃一些流食来减少胃部的难受，还有防止失水，有明显失水时，应及时补液。
应采取中医治疗，按中医分型辨证施治用汤药治疗，同时可加用针刺治疗以调整肠道功能紊乱。抗生素治疗，早期用适当的可吸收的抗菌药物治疗，可明显减轻症状和减少菌的排出。
细菌性痢疾的病人是不能吃鞣酸蛋白酵母散的，因为鞣酸蛋白酵母散主要成分是滑石粉、二氧化硅，主要针对各种消化不良造成的腹泻达到止泻的效果，如果细菌性痢疾的病人服用了这种药物造成大便无法排泄，过多的毒素积聚在肠道里面会加重病情，不利于病情的恢复。