骨囊肿主要是由于骨质发生了囊性变，这样骨质的强度降低，要进行手术治疗。这个手术要刮除囊肿，然后植入新骨，这样就会好的，一般没有什么明显后遗症的，要及早到医院行手术治疗，这样就能及时愈合。
通常情况下，甲状舌管囊肿是指由于甲状舌导管未完全降解而形成的囊肿，在胎儿期，甲状舌管未完全消融或发育不良，会引起甲状舌管囊肿。
主要见于舌根和甲状腺的任意位置，尤以颈部中央最为常见。此病可见于各种年龄段，但多见于青春期男子，皮肤平滑，有清晰的界限，进食过程中能上下移动。一旦出现了甲状腺囊肿，必须立即进行外科手术。
治疗骨囊肿方法有药物治疗、手术治疗等。
骨囊肿发生后，通常情况下，存在着两种处理方式。一种是外科手术治疗，另一种就是药物治疗。当骨囊肿相对较小时，症状相对较轻者，通常采用保守治疗，定期复查并观察骨囊肿改变情况，是否吸收或是否变大。骨囊肿相对较大时，症状较严重者，应以手术治疗为主，由于骨囊肿若不能被吸收，渐渐地增加了，这会损害骨头强度，作用于骨的强度，当骨骼受到相对较轻伤害时，很可能发生骨折。另外，由于患者的年龄较大，身体机能也会随着年纪的增长而下降，这样对于骨质疏松造成了非常严重的威胁。因此，在这样的情况下，应采取手术治疗的措施。
下颌骨囊肿的形成，多与牙齿的畸形发育以及相关的疾病有关。
下颌骨囊肿在临床上也称为牙源性颌骨囊肿，常见的有根尖周囊肿、始基囊肿、含牙囊肿、牙源性角化囊肿等类型。其中，根尖周囊肿是一种牙齿病源性的囊肿，一般是龋坏使牙髓坏死后，炎症扩散出根尖孔后形成的。而其余三种囊肿，一般都是牙齿在发育的过程中，部分解剖结构产生异常，未退化完全造成的。
下颌骨囊肿本身也有好多种类型，比较常见的类型正常是由多生牙、智齿或者根尖周炎引起的。多生牙和智齿引起下颌骨囊肿的原因基本相似，都是牙齿不能够完全萌出，从而使牙齿周围的牙囊进一步膨胀形成局部囊肿，其间会有牙齿称之为含牙囊肿，囊肿正常上颌较为多见，下颌也有时会有发生。