一般来说，包皮内侧起小水泡，通常要考虑以下几个方面的问题：
1、生殖器疱疹：通常生殖器疱疹能够在两周内自愈，不过此病存在极易复发的情况，复发一般病程一周左右。
2、过敏：药物过敏、食物过敏也可能会导致包皮内侧起小水泡，另外，生殖器部位接触某种物质引起的过敏性水泡也是其中一种原因。
包皮内侧起小水泡的患者平时应该注意局部的清洁与护理，勤清洗勤换内裤，保持适当运动，比如慢跑、游泳等，早睡早起，作息规律，适量吃新鲜的水果和蔬菜，并清淡饮食，有利于身体健康。
阴茎内包皮里长了个针孔大的小水泡。如果没有什么症状，也就这么一个继续观察一下，保持阴部清洁，每天用清水清洗一次，清洗时要翻开包皮清洗龟头冠状沟，如果有痒痛症状又有不洁的性生活，是不能排除感染疱疹病毒的。淋球菌感染通常会有脓性分泌物，支原体检测包括人型和解脲原体，这是一组的都需要检测。
对于包皮起水泡的症状，考虑到可能是由于疱疹疾病，这种症状是由于细菌感染引起的，治疗包皮长的情况，然后外用盐酸利多卡因软膏，综合治疗才可以达到治疗的效果。治疗期间，要保持局部卫生清洁干燥，勤换洗内裤，饮食上也要保持清淡。
一般来说包皮长水泡的原因有以下几点：
一是由炎症感染所引起的一种张力性水泡，这种情况下的水泡是不能用力挤压，一般来说这种小水泡是会自愈的。二是由不洁性生活引起的生殖器疱疹，这种情况引起的小水泡，是需要进行抗病毒的药物治疗，因为这是一种聚义传染性的症状，所以患者如果出现这种情况应及时前往医院检查，在医生的建议下接受治疗。
通常情况下，包皮上起小水泡应该到医院进行检查，明确病因后在医生的指导下进行治疗。具体内容如下：
正常包皮皮肤是光滑的，一般不会出现小水泡，长出小水泡大多数是由于包皮生殖器疱疹感染导致的。
建议可以积极的抗病毒治疗，局部可以用温水清洗，然后涂抹阿昔洛韦软膏抗病毒治疗，后期如果出现溃疡糜烂等现象，可以再涂抹红霉素软膏消炎治疗。
日常生活中，患者要注意个人卫生，勤换洗内裤，保持私处的干燥和清洁，还可以适当进行运动，比如瑜伽、跑步等，通常能增强身体抵抗力。