自身免疫性肝炎的病因不清，故目前无治疗的特效药。临床上，治疗自身免疫性肝炎的目的主要是缓解肝脏损伤，延缓或阻止向纤维化的进展。根据病情轻重在医生指导下规范化治疗。
自身免疫性肝炎的病因为机体产生损害肝细胞的免疫因子，无传染性。病情轻微，可通过口服糖皮质激素来控制病情。病情严重，需配合其他保肝、抗炎等支持治疗。严重者出现重型肝炎改变，可能导致高度黄疸，甚至凝血功能严重障碍、腹水等，需进行人工肝替代治疗。
自身免疫性肝炎的预后差异较大，不治疗不会自己好，未经治疗的病人可缓慢进展为肝硬化，或发展为急性、亚急性、暴发性肝病，最终以各种并发症而死亡。除了积极治疗之外，平时要绝对戒酒，荤素搭配，少吃多餐总量控制，少吃油腻煎炸品，多吃新鲜蔬菜水果。饮食要清淡、营养、均衡。适当锻炼，增加身体抵抗力。
得了自身免疫性肝炎，目前只有用皮质激素治疗，可以用逐渐减量的方法，至最小有效维持量，可减轻激素的副作用。活动期要求卧床休息、限制体力活动，禁酒，进食富含维生素饮食。
免疫性肝炎在治疗上，皮质激素是初始抗炎和免疫抑制治疗的首选用药。或者与药物联合治疗，常规治疗可以使60%-80%的病人病情可以得到缓解。在一些病例中，纤维化也可以逆转。
目前来说是不能治好的，预后的差异也比较大，总体来说，十年的生存率约为80%到93%。初发的时候，炎症比较严重，或者治疗无法获得缓解，或者治疗以后反复发作者，预后比较差，多数的病患最终会发展为肝硬化，所以自身免疫性肝炎病患提倡早期诊断，早期治疗。