药流不干净是会对今后的生育造成影响的。药物流产有可能会出现流不干净或者是大出血情况的，如果药物流产没有干净的话，是需要及时进行清宫治疗的，残留在体内时间越长对你身体伤害越大的，规律服用药物，服用药物之后密切观察身体变化情况。
如果药物流产不干净，做清宫，不会对身体有影响。清宫之后大约需要两周的时间，在此期间不能接触冷水或感冒。那么就需要注意饮食，不要吃太冷，也不要吃太辣的食物，不容易消化的饮食也不要吃。注意个人卫生，避免感染，以免将来影响身体健康。
如果药流不全可能出现阴道流血时间长，反复出血或者大出血的现象，需要做清宫治疗。药流后注意休息，观察阴道流血情况，如果超过十天没有干净需及时到医院复查，确定存在残留，需考虑做清宫治疗，以后注意采取有效避孕措施，避免再次意外怀孕。
药流不干净会发生小腹酸痛阴道持续出血，恶心、厌油腻。会发生小腹酸痛阴道持续出血，因为流产所出的血是细菌的很好的培养基地。如果情况严重在妇科检查时子宫会有压痛，还会有发热等。
会因长期淋漓不尽的出血，而导致宫内感染的危险。药流如果不彻底，可以引起腹痛，阴道流血，月经不调等症状，药流没流干净会导致再次怀孕，还得做第二次人流，对身体造成的伤害也很大，遗留在子宫内会造成感染、大出血、不孕等严重的后果，严重威胁生殖器健康。会导致宫内感染、盆腔炎、附件炎、输卵管炎合并堵塞、不孕不育等。建议在药流后10天左右，去医院，根据B超检查情况而决定处理方式，如果残留物比较小的话，可以不用清宫处理，给予口服生化颗粒。
药流不干净后清宫是会疼痛的：
无论是人工流产的刮宫还是药流的清宫都是挺疼的，因为要用负压吸宫去吸子宫腔里的东西，但现在有无痛技术，当药流流不干净而做清宫时，也可以在静脉全麻下做清宫，这样能减少疼痛。
日常生活中，建议清宫后的女性注意保暖，不要吹冷风、碰凉水，并且注意保持外阴部清洁卫生，每天用温开水清洗1-2次以防止感染。