结核性肛瘘疾病的治疗尤其复杂。首先，必须坚持联合服用抗结核药物。渗漏通道应通过手术切除，然后相应缝合。只有用这种才能治疗这种疾病。此外，疾病的恢复时间相对较长，通常需要一个月到两个月才能恢复到正常状态。
对于肛瘘目前主要还是手术治疗为主，找到内口后完整的切除瘘管才可治好的，否则就容易复发。恢复可能需要一段时间的。肛瘘是临床肛肠科常见的一种疾病，主要是由炎症感染引起的。结核性肛瘘是由结核杆菌感染肛周形成瘘道导致的，临床主要采用抗结核药物和手术的方法治疗效果还是比较不错的。
肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗疾患，脓肿破溃或切开后不能愈合，最终形成瘘管，肛瘘只能够通过手术切除瘘管、内口，到目前为止还不能以非手术的方法。其手术的原则是彻底切除瘘管、正确处理内口。
结核性肛瘘即结核菌随粪便排出，引起肛门周围炎症而发展成肛瘘，结核性肛瘘病人常伴有全身症状，如低热、消瘦、贫血、纳差、乏力、盗汗、咳血等。在治疗中较化脓性肛瘘困难，需要去医院及时治疗。
主要表现是肛门附近经常有少量分泌物流出，导致内裤不干净，但不同的是结核性肛瘘按普通肛瘘治疗往往不见效，有时候多次手术还是复发，其病变多局限于肛门口及其肛周皮肤，也可延及会阴部以及外生殖器等部位。
肛瘘的治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。肛瘘不能自愈。肛瘘的手术方式很多，手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免肛瘘的复发。肛瘘的治疗方法分为两种：传统手术和微创手术。
