不好治。目前很多物理疗法和药物都不能清除病变周围皮肤中的潜伏病毒。在整个治疗过程中是漫长和痛苦的，并且对生殖器部位的局部组织损伤大，治疗费用也很高，还特别易复发。
肛内尖锐湿疣可以通过药物和物理手段来治疗。
尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起的，初起为细小淡红色丘疹，随着病情发展会逐渐增大增多，呈单个或群集分布，湿润柔软表面凹凸不平，多呈乳头样、鸡冠状或菜花样突起。对于肛内尖锐湿疣的治疗，还是以局部去除疣体为主。患者可以在医生指导下使用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素软膏等药物缓解症状。对于病程较久或疣体较大的患者，可以前往医院通常液氮冷冻术或激光手术以及外科手术切除等方式来治疗。
尖锐湿疣常用的治疗方法有激光、冷冻、电凝、药物等，但复发率都比较高。目前好的治疗方法是光动力疗法，原理是光敏剂与病变组织结合，在光的作用下产生单线态氧，导致病变组织崩解死亡。建议治疗期间的情况下，一定要注意多锻炼身体的，建议早发现早点去处理治疗的，可以通过性生活交叉感染给性伴侣的。
纯中药很难治好尖锐湿疣，中药外用或中药口服可以做为辅助疗法。因为尖锐湿疣是属于赘生物，激光或冷冻具有快速消退皮疹的作用，而中药外用或口服没有那么快的消退赘生物效果，因此不做为尖锐湿疣的首选疗法。
尖锐湿疣是多屑感触淫邪湿毒，肝胆湿热下注之证。中药主要治法是清热除湿解毒。活血化瘀，扶正祛邪，内外结合调理。饮食注意清淡，辛辣刺激性食物不能吃。养成良好的个人卫生习惯，穿用的衣裤，如用过的毛巾浴巾以及碗盆等器皿均可采取煮沸消毒法。另外这个期间要注意避免性生活，多注意增强免疫力。
尖锐湿疣的早期（潜伏期）是治疗尖锐湿疣的很有效的时期，好好把握这个时期，可以大大提高治好的概率，可以帮助病人尽早摆脱尖锐湿疣的困扰。一般常用的治疗方法有药物治疗、激光治疗、冷冻治疗、手术治疗等多种治疗手段，只要选对疗法，治好尖锐湿疣不是难题。